生殖器疱疹是有一定的潜伏期的。目前认为，
生殖器疱疹潜伏期是1-2周，但这只是参考范围，时间可能更长或者更短，这主要看感染的病毒的量以及患者的免疫状态。如果感染病毒量很多时，可能第二天或第三天就发病了。如果感染的量很少，潜伏期相对就可能比较长。并且潜伏期跟患者接触的诱因和身体的免疫状态有关。感染了疱疹病毒以后，患者一般会有一周左右的潜伏期，1/3的患者会出现原发感染，表现出感冒的前期症状；2/3的患者不会表现症状而直接进入潜伏感染状态，进入潜伏感染状态以后，有些病人因为
免疫力强或其他原因，不会发生生殖器疱疹。有的患者免疫力低下就会发作生殖器疱疹。感染生殖器疱疹病毒的患者，在潜伏期病毒学检测不一定能完全检测出病毒DNA，但对于性伴侣仍然具有传染的风险。
