神经内科位于该院主院区新医疗救治业务大楼22楼，中国卒中联盟成员之一，是该院优先重点发展学科，为安徽省“十三五”重点培育专科，国家级住院医师规范化培训神经内科基地。曾获中国医师协会“人文爱心科室”荣誉称号。目前有卫生技术员35人，其中主任医师2人，副主任医师3人，在读博士2人，硕士13人，开放标准化床位50张，病人覆盖全省及全国各地，是集临床、教学、科研、康复、预防为一体的省级专科。
1.诊断特色：科室配备齐全，拥有介入导管室、神经电生理检查室、脑脊液细胞学实验室等辅助科室；医疗设施先进，拥有美国GE公司平板式INNOVA3100-IQ大型C臂数字化减影血管造影机（DSA）、3.0T核磁共振、128排CT、日本光电诱发电位/肌电图仪、意大利EBNeuro视频脑电，Tracklt动态脑电/多导睡眠监护分析仪、经颅多普勒超声等设备。
2.治疗特色：（1）脑血管病：该科现为中国卒中联盟指定的卒中中心，建立了脑血管病院内急救体系、临床路径和卒中单元，常规开展脑梗死的动静脉溶栓、动脉内取栓、支架置入等血管内介入治疗；多模式CT指导下扩大时间窗静脉溶栓；脑出血、蛛网膜下腔出血内科规范化诊治以及颅内动脉瘤的血管内介入治疗等。
（2）癫痫：目前该院已拥有癫痫诊疗设备，其中包括普通脑电图，视频脑电图，24小时动态脑电图以及抗癫痫药物浓度监测等，为了提高人们对癫痫的正确认识以及规范诊治流程，减少治疗缺口，成立由神经内科、神经外科、儿科、影像科及药学实验室共同组成的癫痫诊疗专家组，同时积极筹备安徽省第二人民医院癫痫诊疗中心，让癫痫病患者接受内、外科及社会心理等全方位的整体综合治疗。（3）中枢神经系统感染性疾病：该科常规开展脑脊液细胞学检查，在中枢神经系统感染性疾病如：病毒性脑膜炎、化脓性脑膜炎、隐球菌脑膜炎等方面均有优势。
（4）A型肉毒毒素治疗肌张力障碍：肌张力障碍是神经科的常见症状之一。近年来A型肉毒毒素治疗肌张力障碍是神经科治疗领域方面的重大进展之一。该科常规开展A型肉毒毒素治疗眼睑痉挛、面肌痉挛、痉挛性斜颈等多种肌张力障碍疾病。
（5）眩晕诊治：积极开展眩晕专科诊治，对良性阵发性位置性眩晕进行手法复位，开设眩晕门诊。2015年举办国家级医学继续教育学习班《眩晕诊治新进展》，普及、提高眩晕诊治水平。该科现为全国眩晕医学专科联盟单位。
（6）其他：痴呆，帕金森病，神经系统脱髓鞘疾病、遗传性疾病，神经-肌肉以及肌肉疾病症等的诊治是该科重点发展方向。
科室不仅注重临床工作，对于科研和教学也十分关注，目前承担安徽省全科医师规培基地，安徽医科大学、安徽医学高等专科学校等高校学生实习及教学工作，开始承担国家级住院医师规范化培训工作。举办省级及国家级医学继续教育项目4项。近年来在国内外杂志上发表学术论文30余篇，其中国家级核心期刊10余篇，并且承担安徽省卒中网络登记工作。有省级课题4项。
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