核医学科是集影像诊断、核素治疗为一体的综合型科室。伴随该院引进赣南首台SPECT而成立，在赣南率先开展了各种脏器SPECT显像及甲亢特色治疗门诊，2015年6月该院核素病房正式投入使用。该科设备先进，拥有进口GE双探头SPECT、甲状腺功能测定仪、核素自动分装仪等大型装置。专业技术力量雄厚，有核医学医师、核医学物理师、核医学化学师及技师提供专业服务。目前承担市科技局、卫生局性计划课题3项目。
作为肿瘤专业医院核医学科，率先在赣南开展了SPECT影像诊断项目，除常规项目如全身核素骨显像、肾动态显像、甲状腺显像、异位胃黏膜显像、碘131全身显像外，特别针对肿瘤诊断，开展的亲肿瘤显像、肿瘤乏氧显像、肿瘤前哨淋巴结显像在赣南为该院独有掌握技术。
核医学科开展的甲状腺疾病诊治为该院的特色项目之一，开展的摄碘率能较好地鉴别甲状腺炎。
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