复旦大学附属儿科医院厦门分院（厦门市儿童医院）中医科系医院重点学科，与复旦大学附属儿科医院中医科实行技术与管理平移，是集医疗、教学、科研于一体的临床科室。中医科创建于2014年6月1日，为0-18岁儿童提供医疗服务。现有主任医师1名，副主任医师1名，住院医师2名。
该科在临床上以中西医结合为主要手段，重视传统中医特色专科特色建设，积极推进中西医结合儿童内分泌专科，儿童脾胃专科，儿童咳喘专科，中医食疗养生指导门诊的建设和发展。
科室目前诊疗范围及特色：内分泌系统疾病：中西医结合治疗儿童糖尿病，儿童肥胖症，甲状腺系统疾病，儿童性早熟等。
呼吸系统疾病：中西医结合治疗小儿急性及反复呼吸道感染、慢性咳嗽等。根据中医经络学开展内病外治法，如：耳贴、中药穴位外敷、中药熏蒸、三伏贴等。
消化系统疾病：中医药配合捏脊按摩治疗小儿厌食、疳积、腹痛、腹泻等疾病。
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