儿科是东城区唯一的儿科专业学科，承担着东城区儿童医疗及保健工作。开设床位34张，设有新生儿病房、感染病房、非感染病房。在新生儿窒息复苏抢救、早产儿治疗、新生儿黄疸治疗、儿童哮喘治疗、新生儿缺氧缺血性脑病治疗方面，呼吸道疾病、消化道疾病、中枢神经系统感染及疑难病例诊治方面积累了丰富的临床经验。新生儿专科成立于1992年，是东部城区唯一一家新生儿病房。近五年成功抢救肺透明膜病，新生儿重症肺炎合并呼吸衰竭、心力衰竭，胆红素脑病，新生儿窒息及缺氧缺血性脑病，极低出生体重儿（最低体重1450克）等重症病例。
儿科在儿童呼吸，消化，神经系统疾病方面有较为丰富的临床经验。其中，在儿童呼吸系统疾病方面的优势明显，对儿童哮喘、呼吸道病原体检测等方面具备较大优势。通过合理用药，合理治疗，合理指导的三合理哮喘规范化诊疗，使儿童哮喘逐渐控制，减轻了儿童的身心负担。新生儿病房是东部城区唯一的新生儿病房，设有婴儿培育箱11个，呼吸机两台（无创cpap），光疗箱11个，可以满足东部城区新生儿的使用。
科室长期与连云港市第一人民医院儿童医院合作，每周有不同专业专家前来交流，指导临床诊疗，为东部城区儿童提供方便。
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