赣南医学院第一附属医院病理科是病理学硕士学位授予点，是一个集医疗、教学、科研与一体的综合性学术和实践平台，是赣南地区临床病理诊断、疑难病理会诊中心,是法医检验龙头学科，重视人才培养及实验室建设，以病理学科为基本队伍，创办了法医学专业，临床医学病理诊断分流专业。2015年获赣州市医学会领先学科。下设诊断室、技术室、标本接收登记室、查询处、标本分检室、组织处理室、快速冷冻制片室、快速冷冻诊断室、免疫组化室、细胞病理室、肿瘤分子免疫荧光室、资料室等相互独立的工作分区。
目前病理科仪器设备先进,拥有徕卡系列全自动脱水机、恒温冷冻切片机、石蜡半自动轮转切片机、高端显微镜、病理图文分析系统等高端设备和仪器，可以满足医疗诊断、教学、科研及尸体解剖等各项工作。
病理科具有雄厚的专业技术力量,现有专业技术人员23人,其中诊断医师16人、技术员7人，高级职称9人，中级4人，初级10人。
病理科目前以肿瘤病理诊断为重点,开展的医疗技术项目有:普通病理、手术中快速病理会诊、免疫病理、分子病理诊断，液基细胞学和细、粗针穿刺活检等。
⊙普通病理检查：对常规手术标本及活检标本进行的病理诊断。
⊙普通细胞学病理检查：对脱落细胞学、穿刺细胞学进行病理诊断。
⊙术中快速病理诊断：利用冰冻切片机及冰冻切片技术的诊断。
⊙免疫病理：运用免疫组织化学的染色方法，以达到以下目的
－提高病理诊断的准确性－检测激素受体及生长因子对预后及治疗的意义－癌基因蛋白的临床应用－对肿瘤细胞增生程度的评价－对肿瘤分期进行指导－指导肿瘤的治疗－免疫性疾病的辅助诊断⊙分子病理：分子病理是将分子生物学技术应用到病理诊断中来，应用标记的核苷酸与相同或相似的核苷酸分子碱基互补原则形成新的杂合分子，以检测某些核酸分子的存在。主要应用于癌基因和抑癌基因的检测，生长因子及其受体的检测、遗传学疾病、肿瘤相关基因的检测等，目前开展的项目有:
1．应用FISH技术检测Her-2基因、EGFR基因扩增
2．应用FISH技术检测慢性粒细胞白血病中BCR/ABL融合基因
⊙病理会诊病理科近年来的工作量每年以10%的速度递增,仅2015年各类病理检查4万多人次；与江西济源司法鉴定中心联合完成尸检60余例。病理科近5年来承担或完成各级各类课题二十余项,其中国家自然基金2项,省部级5项,厅局级及赣州课题14项；在国内外刊物发表论文100余篇,SCI收录1篇。
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