准格尔旗中蒙医医院病理科于2009年成立。是医院医技科室之一，科室现有主治医师1名，技术员1名。
科室医师具有丰富的病理工作经验，曾在准旗中心医院病理科和内蒙古医学院附属医院、内蒙古自治区人民医院病理科及天津医科大学及天津医科大学总医院进修学习对常见病和疑难病可作出正确的病理诊断，以及常规脱落细胞和妇科脱落细胞（TCT）及HPV的诊断。
除了常见病变的病理学诊断以外，科室尤其擅长胃肠及妇科组织肿瘤、瘤样病变及炎症的病理诊断。病理科开展的临床病理学诊断项目齐全，包括常规病理活检诊断、妇科和非妇科液基薄层细胞学诊断，痰液、胸腹水及尿液脱落细胞学检查。此外，对部分病理项目可外送呼和浩特市新途医学检验所、金域医学检验所病理诊断中心协助诊断。
科室现已配备取材台一台、脱水机一台、切片机一台、生物组织包埋机一台摊片烤片一台、莱卡显微镜和OLYMPUSCX31显微各一台、恒温箱一个、离心机一台及自动薄层细胞制片机两台、亚能HPV23标准分型仪一套、标本保存柜一套、标准蜡块保存柜一个、标准玻片保存柜一个、病理图像分析系统等。
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