合肥市第三人民医院职业病科成立于1986年，是专业的职业病防治临床科室。2005年5月26日经原安徽省卫生厅批准，在合肥市第三人民医院成立合肥市职业病防治院，与合肥市第三人民医院一个机构两块牌子。
职防院（职业病科）现位于市三院南区，设有尘肺、中毒、职业健康监护、理化检验等亚专科，有专科床位100张。20多年来收治了数以千计的来自全省各地的各种职业病病人和疑似职业病病人，多次成功的诊断、救治了来自全省的各种疑难危重职业病人。
职防院（职业病科）2016年获得合肥市政府500万专项资金支持，专科配置了德国进口多功能血滤机2台、美国进口呼吸机一台、德国进口大肺功能仪一台、美国进口便携式血气分析仪一台、一拖四重症监护系统一套等先进设备，抢救危急重症的能力明显提高。是合肥市化学中毒救治基地。
职防院（职业病科）附属理化检验室是通过CMA（中国计量）认证的实验室，配有先进的火焰石墨炉一体原子吸收仪、气象色谱仪、原子荧光吸收仪等可以开展常见重金属类金属和有机物的检验检测，可以对社会出具具有法律效力的检验检测报告。
职防院（职业病科）附属心理咨询室负责对需要心理疏导、咨询的职业病病人和疑似职业病病人进行心理咨询、疏导、治疗。特别对在急性中毒事件中出现心理应激障碍的病人及时提供心理咨询、指导，保障心理创伤的及时康复。
职防院（职业病科）亚专科尘肺科自2012年面向全省开展肺灌洗治疗尘肺技术项目，每年数以百计的尘肺病人通过肺灌洗治疗尘肺，明显地减轻了咳嗽、咳痰、胸痛、胸闷等临床症状，生活质量显著提高，取得了很好的社会效益。
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