胃肠外科是黄山市唯一治疗胃肠疾病的特色专科。现有医师13人，其中主任医师5人（含返聘专家1人）、副主任医师1人、硕士以上学历5人；护理专业29人，其中主管护师4人、护师11人、国际伤口造口师1人。拥有固定床位68张，年手术量1500余例。2013年开展腹腔镜下直肠癌根治术获得黄山市科技进步三等奖。2015年开展吻合器痔口粘膜环切术（PPH）治疗中重度痔临床应用获得黄山市科技进步三等奖。
胃肠外科诊疗范围主要包括:胃癌、结肠癌、直肠癌、小肠肿瘤、十二指肠肿瘤等消化道肿瘤、胃十二指肠溃疡、食道胃底静脉曲张、脾功能亢进，以及阑尾炎、肠梗阻、肠套叠、各种消化道穿孔、腹膜炎、痔疮、肛裂、肛瘘等肛肠疾病及其它消化道疾病的手术治疗。
胃肠外科紧跟国际、国内专科前沿技术步伐，积极开展微创手术，在胃肠道肿瘤领域具有较强优势，常规进行腹腔镜下胃癌根治术、结直肠癌根治术、各种消化道间质瘤及阑尾手术等，有效减轻患者痛苦，缩短患者住院时间。
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