该院肝胆外科成立于1991年，是江西省成立的肝胆外科之一。历经几代人的努力和近三十年的发展，现为医院重点建设学科。科室以一院两区为格局，抚河院区拥有核定床位35张，朝阳院区拥有核定床位45张，现有医生9人，其中主任医师1人，副主任医师3人，中级职称2人，研究生以上学历5人；设有肝胆外科专家及普通门诊；拥有腹腔镜手术系统及电子胆道镜，钬激光，ERCP十二指肠镜，微波消融仪器等国内一流的微创诊疗设备。
1992省内最早开展腹腔镜胆囊切除手术。全省较早开展纤维胆道镜检查取石术、空肠间置胆管空肠吻合术+空肠并成形术、肝叶、段切除术治疗肝内胆管结石、肝胆管空肠盆式吻合手术；九十年代初全省最先开展经皮胆囊镜碎石、取石术，腹腔镜胆囊切除术、肝癌介入治疗、输入袢结扎袢式空肠胆肠吻合术；2002年腹腔镜免钛夹胆囊切除术；2003年肝动脉插管置泵介入化疗术（TACE）;全省较早完成腹腔镜、胆道镜，十二指肠镜三镜联合手术，肝胆外科各级复杂手术，如肝门部胆管成形、胆肠吻合、肝叶切除、门静脉高压分流及断流术，胰十二指肠切除、胰腺外伤破裂修补、肝癌破裂大出血修补等危急重症手术。2004年开展了ERCP镜下所有诊疗操作，如十二指肠镜下乳头括约肌切开，胆总管取石、置管、支架植入等。2016年开展了肝脏肿瘤彩超或CT引导下、开腹直视下的微波消融手术。对肝胆系统疾病90%以上能行微创手术治疗。
2005年以来，随着该科腹腔镜技术的广泛开展，尤其近4年来，该科以“腹腔镜微创”及“介入手术”相结合，开展了多例“胆管癌”、“胰头癌”、“巨块型肝癌”、“肝脓肿”及“复杂胆囊结石”等的治疗，使众多患者在治疗过程中得到了“切口小”“疼痛轻”“恢复快”“出院早”“疗效佳”的就医过程。达到了江西省先进水平。科室多次举办了省级，市级继续教育学习班和远程继续教育学习班，该科共发表包括各种论文多篇。取得了良好的社会和经济效益。
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