病理科成立于1973年，经过47年的发展壮大，从原有的2名员工，发展为现有的21名员工，其中硕士学历8名。现已建立了规范的分子病理实验室（如原位杂交室、PCR室），设立了诊断组、技术组、分子病理组、细胞病理组、免疫组化组五个临床专业组和生物样本库。在2016年增挂南昌市妇幼保健院后，病理科对妇产科病理的亚专科建设进行了积极的探索，正在筹划妇科肿瘤的新分子检测项目。
近年来，病理科共申报省、市级课题八项，主持或参与的科研项目中有近十项获得了省、市科技进步奖，参与了两部乳腺疾病专业书籍病理章节的编撰。为适应高速发展的个体化医疗，病理科在分子诊断水平上不断探索和创新：
2009年，开展了荧光原位杂交（FISH）分子病理检测，为乳腺癌病人的治疗和预后判断提供指导；
2011年，在江西省内***建立了规范的生物样本库，每年保存的血液和组织样本10000多份，为科研提供了强大的平台；
2019年，针对乳腺癌治疗、预后评估、个体化治疗的指导开展了21基因检测，为临床对乳腺癌病人的治疗提供了全程保驾护航；
2020年，开展了循环肿瘤细胞CTC检测，该项目对肿瘤的体外早期诊断、确定***治疗期和进行预后判断，都有着重要的意义。此外，该项目还对肿瘤复发检测、耐药性检测、化疗药物的疗效评价及新药的研发，有着重要的价值。
病理科坚持以乳腺专科病理为特点，配合江西省医学领先学科乳腺外科，致力于将乳腺病理做到全面规范、全面优化。对乳腺导管内增生性病变、小叶瘤病变标本进行全取材，为乳腺癌前病变的正确、规范诊断起到了关键性的作用；开展乳腺癌的分子检测项目，对乳腺癌的精准诊断、精准治疗提供了强有力的保障，为患者提供更优质的服务。
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