甘肃省第二人民医院病理科承担全院的临床病理、细胞学检查、科研及外院会诊工作，是人才队伍稳定、结构合理的专业科室。科室现有医、技人员共9名，诊断医师5名，其中主任医师１名，副主任医师1名，主治医师2名，住院医师1名、技术员4名。人才梯队建设已初见规模，研究生率达50%，本科生率达100%，医、技人员配比较合理。
病理科的主要任务是通过活体组织检查、脱落和细针穿刺细胞学检查，为临床提供明确的病理诊断，确定疾病的性质，查明死亡原因。到目前为止，与其他检查手段相比，世界医学界公认最可信赖、重复性最强、准确性最高的仍然是病理诊断。病理诊断报告不是单纯的描述，而是明确的疾病诊断，临床医师主要根据病理报告决定治疗原则、估计预后以及解释临床症状和明确死亡原因，病理诊断的这种权威性决定了它在所有诊断手段中的核心作用，病理诊断水平的高低直接反映了整个医院诊断水平的高低。随着现代病理检查新技术和实验室标准化的发展，临床病理学为病人和临床医生提供更多更重要的医疗指导信息，拓展至肿瘤的转移及其预后检测以及肿瘤病人基因检测和肿瘤耐药情况等。
目前该科室开展的工作有：临床各科室送检的手术标本以及各种内窥镜（胃镜、肠镜、支气管镜等）活检、穿刺活检标本的病理诊断；术中冷冻切片快速病理诊断；特殊染色及免疫组化技术；分子病理技术（主要是肿瘤个体化及靶向治疗的相关基因的检测）；胸水、腹水、痰涂片、支气管刷片、宫颈刮片及各种穿刺涂片的细胞学诊断等。连续多年参加全国及全省病理室间质控（HE染色及IHC）活动，成绩均良好。为促进疾病诊治的多学科团队协作，共同总结经验，进一步提升该院病理疾病的诊治水平，该科与临床科室及其他医疗相关技术科室定期开展多次“多学科临床病例讨论会”，讨论疑难病例，了解临床需要，更好地为病员服务。
为适应现代病理诊断新技术的快速发展，甘肃省第二人民医院病理科在几代病理人的共同努力下，各项工作迈上了一个新的台阶。2016年开展了DNA定量倍体分析及细胞蜡块技术及诊断，提高了细胞学检查的敏感性及阳性率。2017年5月成立了分子病理实验室，陆续开展的分子病理项目有：EGFR、BRAF、PIK3CA基因突变检测，ALK、ROS1融合基因检测，叶酸代谢功能检测，B族链球菌、结核杆菌的核酸检测，28型人乳头瘤病毒检测。病理科在不断的创新发展中。
科室不断强化内部管理，完善各种规章制度和操作规范。科室成立质量控制小组，从标本的接收、固定、取材、切片、染色到报告的签发，全程进行质量控制，不断总结并持续改进，确保病理诊断质量与安全,现已形成了具有自身特色和学术风格的专业。该科始终坚持以医疗质量为中心，为临床医生及患者提供满意的服务，指导临床医生对患者疾病的判断、治疗及预后。
科室加强人才引进与培养，先后派人到北京301医院、北京协和医院、天津肿瘤医院进修学习，提高实际工作水平。积极参加市、省及国家级的各种专业学术活动，每月参加甘肃省、兰州市病理读片会，与各级医院的病理学专家直接交流、学习，从中获得了新的知识及诊断经验。在兼顾大量的临床工作的同时，也重视科研工作。全科在国家公开发行医学杂志上共发表专业论文多篇，主持完成甘肃省自然科学基金及甘肃省科技计划资助项目的科研多项，其中《乳腺癌中securin的表达在淋巴结转移及预后中的临床病理学意义》获市科技进步二等奖。科室技术组成员2015获得甘肃省冰冻技能大赛个人二等奖、三等奖，团体三等奖的好成绩。
该科室制定了完善的管理制度，建立了病理质量管理方案，其中包括病理标本接收与核对制度、常规病理诊断制度、冰冻病理诊断制度、临床病理联系制度、细胞病理学检查与审核制度、病理技术管理规范、病理档案管理制度、病理会诊接收与查验制度、疑难病例科内会诊与讨论制度。严格按照三级检诊、审核方案实施临床病理诊断，确保医疗安全和病理质量。
病理亚学科发展迅速，已经拟建设病理学亚专业的分科，如乳腺病理、女性生殖系统病理、消化系统病理、液基细胞病理和分子病理等。
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