口腔科由国内著名口腔专家邓永强教授及曹军教授领衔的专业口腔医疗团队开展口腔科各项常规及疑难诊疗服务。口腔科作为深大总医院五大特色学科之一，发展迅速，医院开业一年多来，接诊门诊患者近25000人/次，住院病人近1500人/次。在广大市民及深圳的医疗机构中已经形成了一定的影响力，吸引一批优秀的医学人才，为医院的发展提供强大的人才支撑，并着力打造特色医疗、创新医疗模式。临床业务已经全面开展，门诊量、医疗总收入等多项指标均位于医院前列，目前已成为深圳市医师协会口腔医师分会副会长单位。作为深圳市医师协会口腔医师分会副会长单位，目前医师团队共23人，其中教授4人、主任医师4人，副主任医师5人，口腔医学博士12人，口腔医学硕士11人。护理团队14名，主管护师4名。成员来自北京大学、上海交通大学、第四军医大学、中山大学、四川大学及香港大学牙医学院等众多名校，其中博士学历占比超过50%，已经形成特色鲜明、业务能力强大的六大亚专业梯队。
科室目前已开始参与深圳大学口腔医学院本科生的教学，也充分做好开展临床教学、实习的准备工作。建科一年多来科室医护人员已发表了多篇SCI论文及国内核心期刊论文，申报并获得国家自然科学基金、深圳市科创委等多项课题项目。在国内外学术交流上，先后取得国家级临床研究分中心、上海交通大学第九人民医院专科联盟单位等荣誉，并与英国爱丁堡皇家外科学院、中国科学院深圳先进研究院、香港大学牙医学院等单位建立了良好的合作协议。
口腔科是集教学、科研、医疗和预防为一体的临床科室，由口腔科门诊部和口腔科住院部两部分组成。门诊部占地面积1500平方米，拥有卡瓦、西诺等牙科综合治疗台28余张，卡瓦高清CBCT影像系统、曲面断层系统，口腔CAD-CAM修复系统，口内3SHAPE扫描仪等高精尖设备，开展有牙体牙髓、颌面外科、口腔修复、口腔正畸、口腔种植、儿童口腔和口腔预防保健等方面诊疗服务。住院部占地面积3000平方米，拥有床位容量30张，可开展口腔颌面-头颈部肿瘤、颞下颌关节、唾液腺及唇腭裂、口腔颌面创伤与整形等方面特色医疗的手术。
除了口腔常见病、多发病的诊治外，将重点打造微创颌面外科、正畸科、颞下颌关节病专科、牙体牙髓高新技术科、种植科等重点亚专科。
微创颌面外科：由学科带头人之一邓永强教授领衔开展微创拔牙、颌面部外伤及肿瘤微创手术等。开展有独具特色的笑气镇静镇痛拔牙、计算机无痛麻醉拔牙、微创拔牙、超声刀拔牙等。对于各种口腔癌的综合治疗及术后软组织的重建修复，实行彻底、微创、高效的综合治疗计划，兼顾患者的心理状态与身体机能的恢复。术后效果患者满意，多个媒体机构进行宣传报道，社会反响积极热烈。
正畸科：由学科带头人之一曹军教授领衔，拥有一支技术精湛、经验丰富、专业能力突出的专家团队、力图为每一位患者提供科学、全面、经济、人性化的高质量正畸治疗和一流的服务，并始终与国际最新矫治技术接轨。现开展的项目涵盖口腔正畸的经典与现代技术的各个层面：方丝弓技术、直丝弓技术、自锁矫治技术、无托槽隐形矫治技术、舌侧固定矫治技术、种植支抗技术、功能性矫治技术、口外力矫治技术、数字模拟个体化设计矫治技术等。
颞下颌关节病专科：朱耀旻教授在2006年已在华南地区率先开展颞下颌关节镜（射频粘连松解、关节盘复位，内镜辅助骨折治疗）和关节外科（髁突囊内骨折、关节盘复位锚固、3D打印截骨导板关节强直成形术，盘再定位颌垫和等新技术，关节开放同期正颌和面部提升术等）效果优异，治愈相关病患万余人，手术6千余例，有较强影响力。
牙体牙髓高新技术科：除进行各种龋病、牙髓病、根尖周病、牙外伤、四环素牙等牙体牙髓常见疾病的有效治疗外，本科室依托各种先进设备，如手术显微镜、镍钛合金根管预备器械、超声冲洗器械、热牙胶根充器械等，可以进行疑难的后牙残冠、残根的保守治疗、后牙弯根、扁根的根管治疗，根管堵塞、根内异物的再治疗以及开展根管壁穿孔的修补和各种根尖手术。对于高难度的复杂根管、根管内器械分离等情况，依靠先进的显微根管设备，可进行完善的显微根管治疗和显微根尖手术。
种植科：种植义齿修复技术是现阶段解决患者牙列缺失和缺损的领先技术，本科室现开展有一系列特色的种植义齿修复治疗，包括即刻种植和即刻修复技术、种植体软组织美学处理和美学修复技术、骨量不足时的骨增量与种植技术、上颌窦底提升种植技术、血管化髂骨/腓骨移植同期种植体植入功能性修复颌骨缺损、种植覆盖义齿修复等。
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