胃肠外科是泉州地区较早以治疗胃肠道良恶性疾病为专科的科室之一，是集医疗、教学与科研为一体的市级优势学科，在泉州地区较早开展规范化腹腔镜胃、结直肠癌根治术。胃肠外科有东街院区的胃肠外科1、胃肠外科2以及城东院区的胃肠外科三个病区，现开放床位100张，年均收治患者7300余人，年均手术4000余例，年均抢救危重症患者100余例。该学科现有医生36人，其中主任医师4人，副主任医师13人，主治医师12人，医师7人；PICC专科护师4名，国际造口治疗师1名，多人担任国家级及省市级学术团体的副主任委员、常委及委员。
科室致力于胃肠肿瘤的规范化外科诊治及临床基础研究。每年完成数百台胃、肠肿瘤腹腔镜手术，在泉州地区较早开展高难度、复杂腹腔镜胃肠外科技术，如腹腔镜结直肠癌的D2、D3手术、腹腔镜保留盆腔植物神经的全直肠系膜切除（TME+PANP）、腹腔镜多种超低位极限保肛直肠癌手术（ISR、Ta-TME、Parks、适形切除等）、腹腔镜联合盆壁侧方清扫的超低位直肠癌手术（TME+LLND）、腹腔镜下低位直肠癌根治术联合盆腔脏器切除术、腹腔镜下全大肠切除+回肠储袋-低位直肠吻合、全腹腔镜下根治性全胃切除术、腹腔镜下保脾脾门清扫的胃癌根治术(包括胰后入路)、腹腔镜胃癌联合脏器切除术、多种胃肠极致微创的减孔、单孔、NOSES手术等。
科室曾分别获得过“和木杯·十佳医护团队”和“和木杯·十佳医护员工”称号。科室的多名医师多次在全国权威性胃癌、结直肠手术赛事中获得冠亚军，获得多项市级科研项目，并发表多篇SCI、CSCD等论文。
胃肠外科是国家住院医师规范化培训基地。承担福建医科大学、福建中医药大学等多所医学院校的教学任务，同时多人多次在学校或医院的优秀教师评比和讲课比赛中获得佳绩。
科室特色与优势技术包括：多项微创技术如规范化胃、结直肠及小肠肿瘤的腹腔镜手术，高难度复杂的中晚期肿瘤联合脏器切除手术；围手术期加速康复外科技术（ERAS）；多学科诊疗模式(MDT)，优化胃肠道肿瘤的综合治疗；腹腔镜疝修补术，腹腔镜胆囊手术，单孔腹腔镜阑尾手术，腹腔镜胃肠穿孔修补术；规范的肠内外营养支持治疗；伤口与造口护理等。
主要诊治病种包括胃、肠良恶性疾病(胃癌、结直肠癌、肛管癌、胃肠间质瘤等)，肛肠良性疾病（痔疮、肛瘘、慢性便秘、直肠脱垂等）；炎性肠病(小肠克隆氏病、溃疡性结肠炎等)；腹盆腔肿瘤以及疝、甲状腺、乳腺等基础外科疾病；另外该科综合诊治能力强，还承担医院基础外科危重症抢救，开展腹部创伤及急腹症如各种原因的肠梗阻、消化道穿孔、出血、急性弥漫性腹膜炎等危重症诊治，对疑难、复杂、危重病例治疗经验丰富。
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