内分泌科位于住院部8楼，是集内分泌代谢疾病、肾脏疾病、血液系统疾病以及风湿免疫系统疾病的诊断和治疗为一体综合性科室。现开放病床64张，医护人员25人，其中医生8人，包括主任医生1人，副主任医生1人，主治医生6人，护理人员总共17人，主管护师5人，护师8人，护士4人。
该科是江西省糖尿病专科医联盟成员单位，南昌大学第二附属医院风湿免疫科专科联盟成员单位风湿病数据库联盟分中心。开设了糖尿病健康教育室，每周三下午定期对糖尿病患者及其家属进行糖尿病健康宣教。不定期组织医护人员下到社区进行义诊活动，免费为群众监测血糖、血压及糖尿病并发症的筛查。科室已成功开展多例动静脉内瘘成形术，为多名尿毒症患者搭起生命的桥梁。近期开展了《依帕司他片治疗糖尿病肾病的疗效观察》、《不同剂量肾康注射液治疗慢性肾脏病5期的疗效观察》。
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