神经外科成立于2003年，2016年被评为西医市级重点专科，科室为北京医师协会胶质瘤会诊中心齐齐哈尔协作医院，黑龙江省中医药大学临床实习基地。设有床位37张，重症监护病房1间，现有专业医师8人，护士长1人，专科护士15人，主任医师1人，副主任医师1人，主治医师3人，医师3人。科室每年完成手术近200例，开展手术有颅内动脉瘤夹闭、脑血管畸形、海绵状血管瘤、经蝶鞍区肿瘤切除、脑胶质瘤、颅咽管瘤、桥小脑角肿瘤、脑转移瘤、脑膜瘤、椎管内肿瘤、面肌痉挛、三叉神经痛等高难度手术，并对颅脑损伤、脑出血、脑积水、脑梗塞等神经外科疾病的治疗以及处理重度颅内感染有着丰富的经验和独特的方法。开展了颅内动脉瘤、脑血管畸形、血管狭窄等疾病的神经介入治疗。并且科室运用针灸等中医方法为神经外科患者康复提供了有利保障。该科对外与北京天坛医院、北京301医院、北京304医院、北京三博脑科医院，以及省内的哈医大一院、二院、三院、四院常年合作完成各类神经外科手术。为齐齐哈尔地区神经外科急诊急救中心，无论是手术量还是手术复杂程度以及神经外科危重患者抢救能力都处于齐齐哈尔地区领先地位。
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