肿瘤研究所建所于1985年，分别由乳腺癌研究室、生物治疗与分子肿瘤学研究室、肿瘤病因与筛查早诊研究室、肿瘤病理与肿瘤侵袭转移研究室组成。
乳腺癌研究室有教授2名，主管技师3名，讲师1名，技师1名。1986-1999年间承担了国家“七五”、“八五”攻关课题，国家自然科学基金课题及省市科委课题多项，并多次获奖。2000年后又承担了与乳腺癌研究有关的国家“863”课题及省级科研课题多项，有关研究工作正在进行中。
生物治疗与分子肿瘤学研究室是国内较早从事病毒癌基因和逆转录病毒载体构建的研究机构，相关研究成果曾获国家教委科技进步二等奖。目前主要从事“恶性肿瘤和乙肝生物治疗技术与应用的研究”等，研究成果与技术资源主要辅助临床应用。肿瘤生物治疗中的细胞因子诱导杀伤细胞（CIK）和树突状细胞（DC）制作与治疗效果位于国内一流水平，乙肝生物治疗技术为国际先进水平。先后承担国家“863”、国家自然基金及省部级课题16余项；在国内外杂志发表论文200余篇。
肿瘤病因与筛查早诊研究室暨中国医科大学胃癌预防监控中心系辽宁省高校肿瘤病因与预防重点实验室，国家及省重点学科，现有职工6名，教授及副教授各1名。致力于胃癌病因、筛查与早期诊断研究，临床开设胃病监控门诊，专事胃病诊治、胃功能检测及胃黏膜活检病理诊断。该室率先在国内开展的血清胃功能检测新项目填补了我国胃病实验室诊断的空白。多年来主持完成国家科技攻关、973、国家自然科学基金及部省级科研项目30余项，发表论文200余篇，参编胃癌专著多部，曾获教育部及辽宁省科技进步一等奖，在胃癌高危人群筛查与早诊方面居国内领先地位。
肿瘤病理与肿瘤侵袭转移研究室是国家重点学科，长期从事胃肠道肿瘤早期诊断和相关癌前病变临床病理监控、恶性肿瘤术前术后亚临床微转移预警和早期诊断等临床肿瘤病理专业医疗工作，拥有国内一流的肿瘤病理诊断相关硬件设备和肿瘤病理诊断专业人才，关于胃癌功能分型与脏器亲嗜性转移预警、胃癌前病变早诊与临床病理监控、胃肠道肿瘤侵袭转移机理与早诊等研究成果达到国内领先、国际先进水平，曾获多项国家和部省级科技进步奖。学科带头人辛彦教授为享受国务院政府特贴专家，教育部跨世纪优秀人才、国家科技进步二等奖获得者，现任中国抗癌协会转移专业委员会常委、辽宁省胃癌专业委员会副主委、中华医学会辽宁肿瘤专业委员会常委。
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