消化内科在上消化道出血、急性胰腺炎、肝硬化、消化性溃疡、胃炎、结肠炎、结核性腹膜炎及各种中毒性疾病诊治方面，有着较高的水平。拥有高清电子胃镜、电子肠镜，开展无痛胃、肠镜检查术。每年无痛胃镜检查及治疗达2000例以上，无痛肠镜检查及治疗达600人次以上，2013年开始每年承接1000例的国家早期上消化道癌的筛查任务，在消化道早期癌的诊断方面拥有丰富的经验。
胃镜、肠镜介绍北方医院消化内镜室创建于80年代初，包括胃镜室和肠镜室，是淮南地区较早开展消化内镜诊断的专业科室，设备先进，技术力量雄厚，每年进行胃镜检查2000余例。自2013年开始，该院承担了“淮河流域癌症早诊早治”国家级研究项目，每年负责1000例的上消化道癌筛查工作，每年都筛查出多例早期肿瘤患者，在早期肿瘤的诊断方面积累了丰富的经验。该院开展的无痛苦胃镜检查已经10多年，每年检查600余例，检查过程安全无痛苦，越来越受到患者的欢迎。
消化内镜室现配备有PENTAXEPK-i5000高清电子胃肠镜，具有图像清晰、镜身细、反应小等优点。2016年4月份医院新的消化内镜室投入使用，房间宽敞明亮，清洗消毒设备先进齐全。胃镜检查均由高年资主治医师完成，拥有多年的胃镜检查经验，检查过程细致、反应小，深受广大患者的欢迎。
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