通大附院小儿外科是集医疗教学、科研为一体的科室，是苏北地区具有独立建制的小儿外科专科之一。在编医师9人，其中正高级职称3人，副高级职称2人，中级职称2人，住院医师2人，接受外科轮转医师1人，其中具有博士学位1人，硕士学位5人，中华小儿外科学会肝胆学组专业委员会委员1人，江苏省小儿外科委员1人。
在几代科主任的带领下，该科已成为苏北地区小儿外科疾病的诊疗中心。主要开展新生儿外科、小儿普通外科、小儿泌尿外科等疾病的诊治，年手术病例达700多例，并逐年增长，其中大手术占1/3。对小儿腹部外科疾病和小儿泌尿外科疾病的诊治在省内处先进水平。
专科特色新生儿外科开展的手术有：先天性膈疝、先天性食道闭锁，各种类型肠闭锁、环状胰腺肠旋转不良、无肛畸形，先天性距结肠等小儿腹部外科手术有：血管瘤、淋巴管瘤、腹股沟疝、先天性肥厚性幽门狭窄、各型无肛畸型，先天性巨结肠症，先天性胆总管囊肿、先天性胆道闭锁，实体肿瘤以及胃肠道息肉综合症等病的手术。泌尿外科主要开展各种类型的尿道下裂、肾积水、肾脏重复畸形、输尿管囊肿、膀胱输尿管返流、泌尿系肿瘤等疾病的纠治。
学科优势小儿外科在进行日常医疗的同时，承担多项课题，主要进行先天性胆管扩张症、先天性胰胆管合流异常症癌变机制、先天性巨结肠致病机制的基础研究，获得教育部、南通市科技进步奖3次。
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