感染一科是南昌地区历史最悠久、技术力量最雄厚的感染内科，包括肝病门诊、肠道门诊、发热门诊及住院部，是医院重点科室。
该科是江西省手足口病重症、传染病突发公共卫生事件收治的定点科室。承担南昌地区各级医疗机构的各类急性传染病培训任务。现有副主任医师（副教授）以上5人，其中硕士研究生导师2名；博士1名，硕士5名。
核心技术：1.收治各类感染性疾病（包括肝炎、手足口病、麻疹、流脑、乙脑、感染性腹泻、败血症、流行性出血热等）。
2.长期从事发热待查、黄疸原因待查、腹泻原因待查等疾病的临床诊治工作，积累了丰富的临床经验并已探索出一套完整的诊断思路和治疗方案。急性传染病救治水平在江西省处于领先地位，承担整个江西的急性传染病重症的救治任务，尤其是重症出血热、流脑、乙脑及重症手足口病等的救治。
3.对治疗各类型急慢性肝炎、重型肝炎、失代偿期肝硬化、脂肪肝、肾综合征出血热、发热待查、感染性腹泻、急性出疹性疾病、败血症等感染性疾病有着丰富的临床经验和很高的抢救成功率。其中急性传染病的救治、慢性乙型肝炎抗病毒治疗与耐药监测，丙型肝炎病毒基因分型与慢性丙型肝炎抗病毒治疗等系该科特色。科室应用先进的抗病毒治疗方法，成功治疗慢性乙肝、丙肝及由此所致的肝硬化等疑难杂症。
感染二科：该科包括结核病、艾滋病门诊及住院部。现有主任医师1名，副主任医师1名，主治医师3名，住院医生2名。
核心技术：1.从事各种常见传染病的诊断治疗，包括急慢性病毒性肝炎、肝硬化、脂肪肝、酒精性肝炎、重型肝炎等，
尤其是慢性乙型肝炎、慢性丙型肝炎等抗病毒治疗;肝硬化、重症肝炎抢救;人工肝技术治疗肝功能衰竭及其并发症。
2.艾滋病复杂的多种的机会性感染的诊断和治疗，经验丰富，重症感染的抢救成功率高。对于艾滋病抗病毒的药物选择、不良反应监测、药物的配伍以及耐药的处理具有丰富的临床经验，良好的抗病毒方案选择提高治疗的依从性，才能有效控制艾滋病。
3.有一批经验丰富、操作熟练的医生和护理团队，对艾滋病的临床诊疗已形成完整、系列的综合诊断和治疗措施，并成立温馨家园，关爱艾滋病人，使他们通过接受有效治疗，重拾生活及工作信心。
4.肺结核、肺外结核及耐药结核，以及合并乙肝、肝硬化、药物性肝炎的抗结核治疗选择，有效防治肝损伤。
5.全省首家医院治疗艾滋病或结核病合并肾功能不全、肾功能衰竭的患者。
感染三科：该科是南昌市结核病、耐药结核定点收治科室，目前病床数46张。科室团队：医护人员15名，其中医师6名，含博士1名，硕士2名，本科3名;护士9名。
核心技术：1、诊断方面：除开展常规结核检测技术外，还开展T-SPOT、X-pert、结核菌培养、及一二线抗结核药物药敏实验，经支气管镜活检、刷检诊断气管内结核，经支气管镜肺活检、肺泡灌洗结合NGS诊断肺内结核、内科胸腔镜诊断结核性胸膜炎等国内先进诊断技术。
2、治疗方面：除常规抗结核技术、支气管镜下治疗技术外，还开设了耐药结核隔离病房，加强了对此类难治性结核的管理，同时减少了科内普通结核患者感染结核耐药菌的风险。
此外，对其他难治性结核如结核合并尿毒症、肝病、艾滋病等有着丰富的诊疗经验。
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