耳朵和眼睛是不同的感觉器官，它们患病后的疾病性质、致病病原体、组织病理学特征以及对药物的敏感性和反应有所不同。如果轻率地拿眼药水滴耳朵，可能对耳朵疾病的治疗带来以下不利影响。
首先，眼睛除了有炎症性疾病外，还有青光眼、白内障、玻璃体病、老花、近视等耳朵没有的疾病，因而使用贝他根、贝特舒 、阿法根、白内停、障翳散、新乐敦、阿托品等眼药水滴耳朵是不行的。
其次，眼睛和耳朵的炎症性疾病的病原体是不同的。常见的眼睛疾病，如红眼病、沙眼和角膜炎等，其常见致病菌是肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、金色葡萄球菌、沙眼衣原体和细球菌、链球菌、假单胞菌、绿脓杆菌、真菌等。常见的耳朵疾病，如慢性中耳炎和外耳道真菌的常见致病菌是变形杆菌、绿脓杆菌、大肠杆菌和真菌。不同病原体所选择的药物可能相同，也可能不同，因而简单地将眼药水代替耳药水是不妥当的。
再次，有些含抗生素的眼药水，如含新霉素的帕利百，含妥布霉素的点必舒，还有庆大霉素眼药水，用它们治疗眼睛是安全的和有效的，理论上也能消灭耳朵内的细菌，但对耳朵有毒性，可以引起耳鸣、听力下降，严重者出现天旋地转。
最后，眼药水常以水溶液为主，而耳药水因考虑到药物穿透性，常以水和乙醇为混合溶剂。水溶液的眼药水对眼睛刺激较小，有利于眼睛疾病的治疗，但对耳朵疾病有时就显得力不从心。目前，临床上仍广泛使用水杨酸酒精滴耳剂、硼酸酒精滴耳剂。
由此可知，不能随意将眼药水代替耳药水滴耳朵。当然，更不能将耳药水代替眼药水滴眼睛，因为在质量指标上，耳药水一般要比眼药水的要求低些。
