病理科是省中医院重要临床辅助科室之一，承担着甘肃省中医院全部组织病理学诊断、细胞病理学诊断。目前开展的病理诊断技术项目包括：全身各个系统的常规外科病理检查、病理细胞学检查、快速妇科感染病原学检查、术中快速冰冻检查与诊断、特殊染色、免疫组化、病理图像分析等，达到三级甲等综合医院的技术标准和水平。特别在是在骨及软组织肿瘤、消化系统肿瘤、呼吸系统肿瘤、妇科肿瘤与感染等疾病的病理学诊断和细胞学诊断、病原学诊断方面积累了丰富经验。
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