肝胆胰外科始建于1914年，是该院历史最久的科室之一。改革开放以后，科室有了较大的发展。由原来单一的普外科发展成为涵盖普外、腹腔镜、肝胆、胃肠、内镜等专业集临床、科研、教学为一体的综合性科室。其中肝胆胰外科专业为市级重点学科，是本科室特色和亮点。目前科室开放床位43张，现有医护人员26人，其中高级职称人员5名，中级职称人员10名。
科室配置了先进的医疗仪器及科研设备，包括美国泰科ForceTriad能量平台，奥林巴斯腹腔镜系列设备，胆道镜，胆道碎石设备、DDG肝储备功能分析系统、日本IQ-21和北京戴博瑞克人工肝支持系统治疗仪等一系列高精尖医疗仪器，为临床诊治提供强有力保障。
科室自成立以来，已完成各种类型手术15000余例，同时在胆道外科治疗方面探索出了一条患者痛苦小、经济负担轻、康复快的特色之路。由于在西北首先开创的小切口胆道手术具有创伤轻、痛苦小、住院时间短、经济负担轻的特点，使肝胆胰外科逐步成为甘肃乃至西北地区广大患者认可的品牌科室。现已开展普外、腹腔镜、内镜、肝胆、胃肠等各类手术，近几年每年完成各种类型大小手术1200余例。科室本着“走出去，请进来”的方针，积极进行学术交流。与北京解放军总医院、上海长海医院、四川华西医院以及省内各家医院建立良好技术协作关系，协助对肝、胆、胃肠道少见肿瘤及疑难病例进行及时的诊断治疗。美国、日本、澳大利亚、丹麦等国专家多次来该科进行学术交流，该科多名医师也多次赴日本、美国、丹麦等国进行学习深造。
近年来，该科完成多项省市级科研项目，其中一项曾获得甘肃省科技进步二等奖和兰州市科技进步一等奖。主编或参与编写各种外科论著数部，在各级专业杂志发表论文数十篇。多位医生担任省市级学会委员，两位医生荣获“甘肃省优秀外科医生”称号。全科始终坚持以病人为中心，以质量为核心，牢固树立百年老院品牌意识，以精湛的医疗技术和高尚的医德医风为广大患者解除病痛，最大限度的满足广大人民群众的救治愿望，为社会和人民造福。
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