上海市中医医院肛肠科创建于1957年，为上海市较早建立的中医肛肠专科之一。至1969年拥有病床25张。经过几代人不断地努力，逐渐形成了一支综合素质强，业务水平高，团结协作精神的技术团队。现有4名主任医师，1名副主任医师，3名主治医师。博士研究生1人，硕士研究生3名，为世界中医药学会联合会肛肠病专业委员会副主任委员单位，肛肠专业新药临床试验（GCP）基地。拥有床位40张，技术力量雄厚，高年资医师都有二十年以上临床手术经验，诊治范围包括环状混合痔、高位复杂性肛瘘、肛周脓肿、陈旧性肛裂、顽固性便秘、炎症性肠病（溃疡性结肠炎、克罗恩病）及肛周并发症、骶尾部窦瘘、结直肠良性肿瘤、肛门直肠痛、肛周瘙痒症、结直肠病术后调理及其它肛肠疑难杂症。学科积极开展三维超声、磁共振、肛门测压、生物反馈、结肠运行试验、神经电生理等技术在肛肠生理病理应用研究，先后承担国家自然科学基金、上海市自然科学基金重点项目及上海市教委、上海市卫生局等科研项目10余项,编写专著8部。同时承担上海中医药大学授课、研究生培养和临床实习带教任务。
学科带头人郭修田博士为海上顾氏外科第五代传人，美国克利夫兰医院访问学者。坚持“立足中医、弘扬特色、传承创新”的道路、中西荟萃、内外并重，以“微创、精准、个性化医疗”为治疗理念，形成科室独特的诊疗特色。
1.环状混合痔的治疗，采用特有的三联疗法（外痔剥离，内痔结扎，痔上动脉缝扎），分段分离结扎术式，配合简易扩肛术，避免了传统结扎疗法中的肛门剧痛及肛门狭窄等后遗症。
中西并举，根据不同痔的形态采用相应微创手术方法，如痔上黏膜吻合器切除术（PPH），痔套扎术及选择性痔切除术（RPH、TST）等。
2.高位复杂性肛旁瘘管(或窦道)诊疗中，采用特有的切开+挂线的术式灵活地处理复杂的瘘管(窦道)，对口隧道式切除瘘道，术后垫棉压迫或负压引流，避免肛门失禁等后遗症，术后结合生肌类药散等中医外科特色药物处理创面，可减轻术后疼痛，缩短愈合时间。
3.对于肛裂病人根据不同病情采用采用刚揉相济四指扩肛术或微创松解术，或肛裂切除松解术，减少术后复发。
4.一次性根治术治疗肛旁脓肿，粘膜下注射粘附术治疗直肠粘膜脱垂等方面技术领先。
5.熏洗疗法：对于痔疮及肛裂，肛瘘术后采用熏洗疗法（自制外洗一号方），应用全自动熏洗治疗仪，使混合痔，肛裂，肛瘘创面经熏洗后能改轻术后疼痛促使创面愈合。
6.中药调理；用中医中药进行内治与调理亦为肛肠科所重视，针对顽固性便秘，溃疡性结肠炎，结肠黑变病的治疗，除用灌肠治疗外，更以中药滋阴、润下、理气、通腑等辨证论治，使病员逐步摆脱对”大黄””清肠茶””排毒丸”等泻药物的依赖，使患者得到康复。
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