内分泌代谢病科是以诊治内分泌及代谢系统疾病为主的科室。特别对于糖尿病及其并发症（糖尿病肾病、周围神经病变、视网膜病变、糖尿病足等）、痛风、甲状腺疾病（甲亢、甲减、甲状腺炎、甲状腺结节等）的诊断及治疗有丰富的临床经验。同时开展对少见的内分泌疾病的诊断和治疗，如内分泌性高血压、垂体疾病、肾上腺疾病、甲状旁腺疾病、尿崩症等，此外还开展了对骨质疏松和肥胖症的诊治工作及超声引导下甲状腺细针穿刺活检术（FNAB）。
科室设置有专科病房、一个专家门诊和两个普通专科门诊、骨质疏松专科门诊、肥胖门诊、糖尿病健康教育室。科室近年来全面开展胰岛素强化治疗，广泛使用胰岛素泵控制血糖，取得了良好的疗效。引进进口扫描式葡萄糖监测系统（动态血糖监测仪）、糖尿病血管病变和神经病变筛查仪、神经血管治疗仪、手持式眼底照相机等新型设备以及新型降糖药物诊治糖尿病及其并发症，使糖尿病及其并发症的诊疗居于珠海市领先水平。目前，内分泌及代谢病科是中国糖网筛防工程首批筛防中心，广东省内分泌性高血压专科联盟成员单位，珠海市糖尿病教育与支持专科联盟中心单位，珠海市内分泌与代谢疾病联盟中心单位，斗门区重点专科。
科室承担了遵义医学院珠海校区的本科生教学工作，以及研究生、住院医师规范化培训的带教工作，是遵医五院全科教学基地之一。已主持和参与了多项国家级、省、市级科研项目，在核心期刊发表多篇学术论文。为加强对糖尿病等慢性疾病的综合管理，启动了“中国红十字基金会‘关注慢病，健康中国’慢病综合管理全民促进计划”，及中国医师协会牵头的“医疗质量万里行，骨质疏松专题义诊”等多个项目。邀请全国及省内著名内分泌专家前来医院共同举办省市级继续教育培训班，经常深入西区各级医院与相关专业医务人员交流糖尿病及其他内分泌代谢性疾病诊治经验。
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