内分泌科是以普通内科为基础，以内分泌疾病、风湿免疫疾病、睡眠障碍疾病治疗为特色的临床科室，也是医院的中医特色优势科室，中国医师协会内分泌代谢病专业委员会成员单位，中华医学会甘肃分会糖尿病专业委员会委员单位，甘肃省中医学会心脑血管病专业委员会及糖尿病专业委员会副主任委员单位，甘肃省睡眠医学中心医联体单位，甘肃省免疫风湿优势学科医联体单位等。内分泌科室承担着各乡镇卫生院进修医师的培训和医学院校学生的实习带教任务。科室位于住院部12楼，开放床位30张，现有医护人员19人，其中甘肃省基层名中医、天水市市级名中医1人，主任医师1人，副主任医师1人，主治医师2人，住院医师5人，糖尿病专科护师1人，主管护师1人，护师5人，护士3人。
科室配备有胰岛素泵、神经感觉阈值监测、四肢多普勒监测仪，臭氧治疗仪、多导睡眠监测仪、便携式睡眠监测仪、无创呼吸机、颈椎牵引仪、红外线灯、红外线治疗仪等多种医疗设备。主要诊治糖尿病、甲状腺疾病、类风湿性关节炎、痛风、系统性红斑狼疮、强直性脊柱炎、骨关节炎、颈椎病、腰椎间盘突出症、阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征（打鼾）、失眠等内分泌疾病。开展了大自血治疗，持续胰岛素泵注射，三氧关节腔注射、针刺、艾灸、拔罐、穴位注射等特色疗法。为患者提供专业的医疗服务。
科室以“预防为主、健康为先、综合管理、中西结合”为服务宗旨，发挥中医特色，针灸治疗糖尿病及并发症、风湿性疾病等，疗效显著，赢得患者的一致赞誉。
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