蒙医科始建于1981年，是医院一级临床科室，是鄂尔多斯市蒙医重点专科。科室现有主任医师1名、副主任医师1名、主治医师4名、蒙药调剂1名。学科带头人杨斯琴主任医师是内蒙古自治区基层名中蒙医，从事蒙医临床工作近四十年，曾在内蒙古自治区中蒙医院进修学习。科室主任韩满达主治医师，毕业于内蒙古医科大学蒙医系，是鄂尔多斯市蒙医学术继承人，从事蒙医临床工作12年；科员均为本科毕业，均在内蒙古国际蒙医医院进修培训一年以上。科室年门诊1400人次；开放病床13张，年住院200多人次。
科室以“突出蒙医药特色，发挥蒙医药优势，以专科专病，辨症实质和全方面综合治疗”为业务发展思路和建设成市级重点专科为目标。擅长应用蒙医针灸、理疗等蒙医传统疗术及蒙药和西药相结合治疗内科脾胃病等慢性病、萨病、骨关节疾病、颈腰椎间盘疾病、过敏性鼻炎和哮喘、面神经麻痹、妇科病和乳腺病等疾病。
蒙医科现有蒙医五疗灯、温针仪、电热针、电针仪、红外线治疗仪、超声波治疗仪、中频治疗仪、静脉曲张治疗仪等设备。
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