南京脑科医院中医科建立于1956年，一直致力于神经精神类疾病的中医治疗工作，是国家中管局神志病重点专科培育单位、江苏省示范中医科建设单位、南京市中医重点专科。现有主任中医师2名、副主任中医师3名，主治中医师3名，住院医师3名，针灸医师2名。目前科室由中医门诊、中医病房、针灸室构成。针灸室分为门诊针灸室和病区针灸室。中医门诊病员病种涵盖精神科、心理科及神经内科等。
中医科设有床位30张，主要针对神经内科疾病展开中西医结合的诊疗工作。治疗方法有：中医中药、电针、体针、舌针、头皮针、神灯、火罐、中药熏蒸治疗、中药熏洗治疗、中药头皮导入治疗、电脑中频电治疗等。
科室坚持突出中医特色，中西并重，努力创新的发展方向，利用中药外治、内服的优势，在中风、中风后遗症、帕金森非运动性障碍、疼痛等方面做出了一定的成绩。坚持中西医结合治疗精神疾病。结合自身实际，开展了对中风后抑郁、轻度认知功能障碍的针灸、中药治疗，力争今后有所成绩。
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