小儿外科是一级独立科室，是承担诊治小儿外科疾病的专科，担负着连云港市及周边地区小儿外科疾病的临床诊治等重要任务。目前科室技术力量雄厚，设备齐全，配备有小儿腹腔镜、小儿专用麻醉机、呼吸机、心电监护仪、新生儿温箱以及其他重症监护设备等，为小儿尤其是新生儿、婴幼儿手术的安全性及危重症患儿的成功抢救创造了必备条件。已经建立起一整套适合小儿特点的精细操作规程以及专科治疗和护理常规，可独立开展小儿各种先天性畸形、急腹症、肿瘤、创伤、泌尿生殖器官疾病和新生儿疾病的诊治，科室现开放床位30张。现有临床医生6人，其中高级职称专家三位。目前，专业内设有新生儿外科、小儿普通外科，小儿骨科及矫形外科，小儿泌尿外科等亚专业。开展的主要医疗项目：
1、微创外科手术：单纯经肛门巨结肠根治术、腹腔镜巨结肠根治术或巨结肠类缘病根治术、漏斗胸NUSS手术、下消化道出血、肠套叠、肛门闭锁、阑尾炎、腹痛待查、肿瘤活检腹腔镜手术,胆总管囊肿的腹腔镜手术、食管裂孔疝、膈疝、膈膨升腹腔镜手术等。
2、新生儿外科手术：先天性幽门肥厚狭窄先天性肠闭锁和肠狭窄先天性肠旋转不良、新生儿消化道穿孔、胎粪性腹膜炎、新生儿坏死性小肠结肠炎、脐膨出与腹裂、消化道重复畸形、先天性肛门和直肠发育畸形、胆道闭锁、脐疝、卵黄管瘘、脐尿管瘘、先天性食管闭锁等。
3、小儿普外手术：小儿急腹症、阑尾炎、疝、鳃裂囊肿（瘘）、甲舌囊肿（瘘）、甲状腺肿瘤、美克尔憩室、原发性腹膜炎、肠梗阻、消化道异物、急性出血坏死性小肠结肠炎、肛瘘、人工肛门的重建、胃十二指肠手术、胆道手术等。
4、小儿泌尿外科手术：包皮环切术、隐睾、尿道下裂、隐匿型阴茎、精索静脉曲张、鞘膜积液、肾积水、肾肿瘤、输尿管畸形、输尿管膀胱返流、膀胱憩室、前列腺囊、尿道瓣膜手术等。
5、小儿肿瘤手术：血管瘤、淋巴管瘤、肝母细胞瘤、肾母细胞瘤、神经母细胞瘤、畸胎瘤、肠道肿瘤等。
6、小儿矫形外科手术：先天性髋关节脱位、先天性马蹄内翻足、脑瘫及儿麻后遗症肢体畸形、髋内外翻、膝内外翻、先天性斜颈、多指及并指、肢体不等长、胫骨假关节等。
7、小儿创伤及急症手术：躯干及肢体的骨折、胸腹腔脏器破裂、皮肤及软组织挫裂伤、神经、血管、肌腱断裂修复、阴囊急诊、尿道断裂等。
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