2005年，临床产前诊断科率先在厦门开展首例经腹脐血管穿刺术用于临床胎儿先天性发育异常的产前诊断，此后又在厦门率先开展经腹绒毛穿刺术的产前诊断技术，将产前诊断的孕周提前到妊娠11周，与国内及国际先进的产前诊断机构接轨。2007年成为福建省最早获得卫生部产前诊断执业资格的两家产前诊断中心之一，2017年被评为厦门市领先学科。目前为福建省产前诊断培训基地，厦门市医学重点专科，承担全市产前筛查及相应诊断工作，每年吸引闽西南大量患者前来就诊。在这十多年的努力和坚持下，该院的产前诊断介入技术得到了坚实的发展，每年完成的产前诊断介入穿刺例数不断的在增加，至今为止，产前诊断科已完成近7000多例的羊膜腔穿刺术，1800多例的脐血管穿刺术，100多例的经腹绒毛穿刺术。他们已建立了一支拥有规范、熟练的介入产前诊断技术专业队伍，服务于闽西南地区的众多妇女。每年大量泉州、漳州、龙岩等地区患者慕名而来，产前筛查和产前诊断网络覆盖全市97%以上地区，每年开展近10万例产前筛查、超声检查和7千多例产前诊断业务，有效降低新生儿出生缺陷几率。
产前诊断科目前扩大了遗传咨询和胎儿医学的门诊规模，产前咨询的流程及内容更加规范，介入性产前诊断技术更加成熟，目前开展地中海贫血、脊髓肌萎缩症、假肥大型肌营养不良症等基因缺陷胎儿的产前诊断咨询。并开展如下手术治疗：羊膜腔灌注术用于羊水极少的产前诊断和治疗；胎儿宫内严重胸腔积液、腹腔积液、肾脏积水的放液治疗；孕中期双卵双胎其中一胎严重畸形的选择性减胎术；双胎输血综合征羊水过多的放羊水治疗；单胎羊水过多的放羊水治疗；孕中期宫颈环扎术；胎儿宫内生长受限的治疗；胎盘功能监测的新技术；联合儿外科开展胎儿腹裂畸形和脐疝的产前诊断和出生后手术治疗，大大的改善的异常胎儿的预后，同时也大大提高了孕妇的妊娠结局，提高了产科质量。这十多年来，他们一直在努力的学习、总结和提高，努力跟上国际国内胎儿医学发展的脚步，他们已做好了准备，准备开展更多的胎儿宫内诊断和治疗，包括胎儿镜的开展。
产前诊断科先后多次承办国家级继续教育培训班和多期省级继续教育项目。目前多名主任医师为厦门大学医学院授课教授，在厦门大学医学院参加授课及带教工作。近几年先后获得国家和省部级科研课题5项；福建省科技进步三等奖一项，厦门市科技进步奖二等奖两项；福建省预防医学会优秀论文三等奖一项、福建省自然科学优秀论文三等奖一项；以第一作者发表在国家级以上杂志论文10余篇，其中SCI论文篇6篇。
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