药剂科是在院长直接领导下的集药品采购、供应和管理、制剂生产、临床药学及监督执行药政法律法规为一体的综合性技术部门。药剂科总人数186人，主任药师3人，副主任药师3人，副研究员7人，中级职称44人，初级职称114人，其他15人。
药剂科设有调剂部、临床药学室和制剂中心调剂部设有药品库房，门诊中药饮片调剂室，门诊中、西成药房，急诊药房，住院中、西成药房，煎药室，免煎中药饮片房，科研药房等8个部门，各部门都具有各自特点：
药品库房：负责中、西药品和化学试剂的采购、验收、养护、库存管理和价格维护及医院信息系统药物信息工作。(目前西药有800余种、中成药500余种、饮片600余种，院内制剂150余种)
门诊中药饮片调剂室：是体现医院中医药特色的窗口，也是获得中国中医科学院“青年文明号”荣誉的部门之一。日门诊调剂处方数1000余张，处方剂数14000余剂。
门诊中、西药药房：承担医院门诊中成药、西药的调配和发放，同时还设置了药物咨询服务窗口，随时解答患者和医务人员提出的有关药品方面的问题。
急诊药房：承担24小时急诊药品供应及急救支援工作，安排业务过硬的药师值班保证突发事件的应急能力。
住院中、西药房：承担着全院19个病区600多张病床的药品供应及其他治疗、检查、诊断等辅助药品的调剂工作。同时还密切配合临床做好对住院病人在治疗期间的药物监护，确保临床用药安全、合理、有效。
煎药室：现有全自动煎药机40台，包装机8台;主要方便患者煎药，采用无毒、方便的塑料包装袋。能够根据临床需要提供从50～200ml不同规格的包装，同时根据病房需要，提供急煎药服务，在1小时内提供合格的汤药。
免煎药房：提供300余种常用的经过科学全成分提取的中药配方颗粒，与传统饮片相比疗效相似，不用煎煮，直接冲服。方便快捷，尤其适用于儿科、年轻人等。
科研药房：在药剂科和药物临床研究机构办公室的领导下，为全院开展临床研究用药提供药品发放、药学指导及用药数据管理工作。
临床药学室开展合理用药研究，药师参与查房，收集和反馈药品不良反应信息和报表，保证临床合理用药。同时开展了合理用药监测，抗菌药物监测;门诊处方检查，以规范临床医生处方行为，保证合理用药;开展药物经济学研究。此外在药学科研方面，开展了药物相互作用研究，药物质量评价，药物新制剂、新药研究等工作。为了给临床医务人员提供良好药学服务，除了定期出版《药讯》外，还及时发布药品安全使用信息，与临床交流各方面的药物信息。
制剂中心2005年底通过北京市药品监督管理局的《医疗机构制剂配制质量管理规范》(GPP)认证检查，成为宣武区第一家通过GPP认证的医疗机构。
主要负责医院临床医疗用制剂的研究和配制工作，能够配制20余种剂型的制剂，有150种制剂取得批准文号，常年生产的品种约100种左右。拥有先进的生产设备，如：三效浓缩机组、一步制粒机、全自动胶囊填充机、胶囊压板机、高速压片机、软膏灌装机等。除满足医院临床用药的配制外，还可承接外制剂加工业务。近年来先后承担了九项医疗机构新制剂研发工作，两项该院科研课题及多项院内科研协作课题。从2003年开始，先后与英国、日本等进行了几项保健品的开发和科研合作。药检室的小型实验设备及高效液相、紫外分析仪等检测设备能够保证新制剂的工艺研究、质量标准的制定及药品的检验工作顺利开展。由制剂中心参与的院内科研协作课题的开展，为临床医生开展科研工作奠定了基础。
药剂科还积极开展科研工作，先后承担和参与了国家中医药管理局、国家新药基金、北京市科委、国家自然基金和中医科学院等多项课题研究。
研究成果有：1.“降糖甲片”和“健脾益肾冲剂”的研制，分别获得1978年卫生部科技奖。
2.“内痔新药消痔灵注射液的研制”、“消痔灵注射疗法治疗三期内痔的临床及实验研究”或1980年卫生部甲级成果奖，1985年获国家科技进步二等奖。
2.“改良醋泡方治疗手足癣的临床与实验研究”，获1985年中国中医研究院科技进步二等奖。
3.“中国神方补肾生血药”和“华台补酒”，等获国家科委1991年国家新产品证书。
4.“病毒一号滴眼液治疗单疱病毒性角膜炎的临床及实验研究”，获1991年国家中医药管理局科技进步二等奖。
5.“著名中医陆南山诊治经验的临床及实验研究”(七五攻关课题)，获1992年国家中医药管理局科技进步二等奖。
6.“中国神方甲胶囊”和“中国神方乙胶囊”，获1992年国家级新产品证书。
7.“宫颈一号栓治疗宫颈间质及重度糜烂的临床与实验研究”，获1992年国家中医药管理局科技进步二等奖。
8.“中药广痛消(泡沫型)气雾剂对肛门直肠止痛作用的临床及实验研究”，获1998年国家中医药管理局科技进步三等奖。
10.“心康口服液防治急性病毒性心肌炎的机理研究”(国家自然科学基金)，获2003年中国中医研究院科技进步二等奖。
获得荣誉国家中医药管理局《巾帼建功集体》的称号全国中药特色技术传承人才培养基地北京市中药临床药学重点专科北京市中医局首批颜正华临床中药学服务基地药剂科是一支团结向上、朝气蓬勃的团队，以为一线服务为重点;以患者用药安全有效为目标;以科研成果为坚强后盾，不断提高药学服务质量，使药剂科真正成为患者心目中的放心药房。
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