石菖蒲具有开窍豁痰、醒神益智、化湿和胃等功效，主要用于治疗痰蒙清窍、神昏癫痫、健忘失眠、湿阻中焦等病症。其作用与功效主要有改善认知功能、镇静安神、促进消化、抗炎镇痛、调节胃肠功能等。
1、改善认知功能
石菖蒲中的挥发油成分可透过血脑屏障，促进乙酰胆碱合成，改善阿尔茨海默病或血管性痴呆患者的记忆力减退、反应迟钝等症状。临床常与远志、茯苓配伍使用，如安神补脑液。动物实验显示其提取物能减少β-淀粉样蛋白沉积，但具体机制仍需进一步研究。
2、镇静安神
该药材对中枢神经系统具有双向调节作用，低剂量可缓解焦虑失眠，高剂量能控制癫痫发作。其活性成分α-细辛醚可增强γ-氨基丁酸受体活性，适用于更年期综合征伴发的入睡困难、多梦易醒。需注意与苯二氮卓类药物联用可能增强镇静效果。
3、促进消化
石菖蒲煎剂能刺激胃液分泌，增强胃肠蠕动，对功能性消化不良引起的脘腹胀满、食欲不振效果显著。常与苍术、厚朴组成平胃散，所含β-细辛醚可抑制幽门螺杆菌生长，但单用抗菌力较弱，需配合标准化治疗方案。
4、抗炎镇痛
体外实验表明其乙醇提取物可抑制环氧酶-2表达，减少前列腺素E2生成，对风湿性关节炎的关节肿胀有缓解作用。民间常用鲜品捣敷治疗跌打损伤，但皮肤破损者禁用。与非甾体抗炎药联用需监测肝功能。
5、调节胃肠功能
通过调节肠神经丛的5-羟色胺受体，改善肠易激综合征的腹泻便秘交替症状。含有的甲基丁香酚能解除平滑肌痉挛，对化疗后呕吐有一定预防作用。脾虚泄泻者可配伍白术、山药，但阴虚火旺者慎用。
使用石菖蒲时建议选择正规医疗机构配制的中药饮片，避免自行采挖野生品种导致中毒。日常可制成药膳如菖蒲粥，取干燥根茎3-5克与粳米同煮，适合脑力劳动者调养。服用期间忌食生冷油腻，孕妇及青光眼患者禁用。若出现口干、心悸等不良反应应立即停用并就医。传统认为农历端午节悬挂菖蒲有避秽功效，但药用价值与民俗作用需区分对待。
