复旦大学附属华山医院抗生素研究所是教育部首批传染病学科博士点、重点学科，卫生部重点开放实验室和首批确定的抗感染药临床药理基地。研究所长期致力于感染性疾病诊治、抗感染药物临床药理学研究和细菌耐药性防治，实验研究与临床实践密切结合，学风严谨、注重传承，上述领域在国内居领先地位。受卫生部的委托，汪复教授任组长、张婴元教授等任副组长负责编写《抗菌药物临床应用指导原则》，为推进我国抗菌药物的合理应用起了重要作用。
临床工作一直是抗生素研究所的核心工作之一，历任所长均为临床医学专家，在长期的临床医疗工作中涌现了戴自英（著名传染病学专家，中国临床抗生素学的奠基人、抗生素研究所创始人）、刘裕昆、汪复（抗生素研究所名誉所长）、张婴元（抗生素研究所所长）和王明贵（抗生素研究所常务副所长）等一批国内外著名临床专家。
抗生素研究所临床应用室现有主任医师3名，副主任医师4名，主治医师4名，住院医师3名。吴菊芳主任医师任室主任，李光辉主任医师、杨帆副主任医师为副主任。抗生素研究所开设感染门诊，拥有独立的感染病房，并承担大量院内外疑难、危重感染的会诊工作，每年会诊3000余例次，其中院内2000例次以上，院外（该市及全国各地）逾1000例次。研究所人员还兼职负责华山医院的医院感染防控和抗菌药物合理应用管理。
长期以来，该研究所临床医师积累了丰富的感染性疾病诊治经验，具有感染病、临床微生物学及临床药理学等多方面知识，掌握各类感染的常见病原体及其耐药情况，熟悉各类抗菌药物的特性，从而提高感染性疾病的治愈率，同时做到抗菌药物的合理使用、减少抗菌药物不良反应。抗生素研究所擅长以下感染性疾病的诊治：⑴下呼吸道感染：急性支气管炎、慢性支气管炎急性发作、支气管扩张继发感染、各类肺炎、肺脓肿等；⑵上呼吸道感染：细菌性鼻窦炎、化脓性扁桃体炎和咽炎、急性中耳炎等；⑶泌尿生殖系统感染：各类尿路感染（尿道炎、膀胱炎及肾盂肾炎）、前列腺炎、肾脓肿等；⑷消化系统感染：感染性腹泻、肝脓肿等；⑸心血管系统感染：血流感染（败血症）、感染性心内膜炎；⑹中枢神经系统感染：脑膜炎、脑脓肿等；⑺腹腔、盆腔感染；⑻深部真菌感染；⑼免疫缺陷者感染；⑽多重耐药菌感染。
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