哈尔滨医科大学附属第二医院感染病科是一个有着较长历史，医疗、教学和科研全面发展的综合性临床科室。组建于1962年，经40余年来发展，已成为全国高等医学院校中知名的传染病学科，曾在各重大公共安全事件中担任重要角色，并具备国家感染性疾病的临床试验机构资格，参加多项临床试验。目前，在全体教职员工共同努力下，正在向校及省级重点学科的目标迈进。
全科年门诊量2008年达到18975人次，年收治患者为2407余人次，病种多达20余种，其中约50％以上为各型病毒性肝炎、肝硬化，重症肝病，治疗效果显著。该科是黑龙江省少数几个能够进行YMDD变异及HCV基因分型的科室，这对乙、丙型肝炎的临床治疗有重要的指导意义。对肾综合征出血热、布氏杆菌病、肝吸虫病、感染性腹泻、发热待查等疾病的诊治，该科也具有丰富的临床经验。中毒性菌痢的患者可达到100%治愈率。
全科共由2个病区组成，共有床位170张。现有医护人员41人，其中医生系列20人，分成2个医疗单元；护理系列26人，分成2个护理单元。医疗系列中具有博士学位3人、硕士学位13人。在读博士3名。
科室医疗人员理论知识扎实，临床经验丰富，具有很强的科研能力，先后获得省部级科研项目4项、厅级6项、市级1项。全科共发表论文70余篇，发表于SCI文章4篇，在《中华传染病病杂志》、《中华医院感染学杂志》、《中华内科杂志》、《肝脏》等核心期刊发表论文60余篇；参与《传染病学》《重型肝炎的基础和临床》《北方常见传染病防治》《老年内科疑难病症鉴别诊断与治疗》的编写；已参与研究的课题有“评估聚乙二醇干扰素-2a（派罗欣®）治疗HBeAg阳性慢性乙型肝炎疗效和安全性临床研究”，“注射用重组人胸腺素a1治疗慢性乙型肝炎Ⅲ期临床研究”，“临床研究评估替比夫定600mg片剂治疗中国慢性乙型肝炎患者的疗效和安全性”，“治疗用（合成肽）乙型肝炎疫苗治疗慢性乙型肝炎的疗效及安全性的Ⅱ期临床研究”。
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