长春市儿童医院呼吸一科是该院最早成立的呼吸专科，拥有一批具有丰富临床经验的主任医师、副主任医师及主治医师，在儿科呼吸道疾病的诊断和治疗方面有较深的造诣。该科抢救和治疗了大批的危重、疑难患儿。该科在治疗儿童常见感染性疾病的同时，大力开展呼吸免疫性疾病的诊治，特别是哮喘、间质性肺病的诊治，处于国内领先水平。在东北地区有较大的影响力。
呼吸内科病房共有42张病床，主要收治病种：小儿气管炎、支气管肺炎、重症肺炎、支原体肺炎、支气管异物、闭塞性细支气管炎、肺不张、支气管哮喘、先天性肺畸形，胸腔积液、间质性肺疾病、肺部疑难杂症等。专业辅助功能科室有肺功能室、支气管镜室、呼吸道病原及过敏原实验室、一氧化氮检测室、健康教育宣传室。
该科在东北地区较早开展了支气管镜检查，由训练有素的专业医护人员对患儿进行规范的术前准备、术后护理及医疗指导。同时科室采用国内领先的流式细胞仪以及PCR技术，针对呼系统免疫性疾病及感染性疾病进行诊断及预后评估收到了满意效果。为了提高患儿家长对医学科普知识的认识，该科大力开展患儿家长科普教育，获得家长的认可，建立了良好的医患关系。
呼吸二科：长春市儿童医院呼吸二科是本院重点学科，拥有一支技术精湛、服务优良的医护团队。现有主任医师3名，主治医师2名，住院医师3名，其中医学硕士5名，呼吸专科护士16名。
科室设有床位46张，采用先进的诊疗技术对小儿呼吸系统疾病进行诊断和治疗，对呼吸系统常见病如：反复上呼吸道感染、支气管炎、慢性咳嗽、支气管肺炎、毛细支气管炎、支原体肺炎、病毒性肺炎、金葡菌肺炎、肺脓肿、真菌性肺炎、胸膜炎、肺不张、哮喘、哮喘持续状态、呼吸衰竭、心力衰竭、睡眠呼吸障碍等疾病的诊治方面有较成熟的经验，取得显著的临床效果，达到国内先进水平；该科对于少见的儿科呼吸系统疾病亦有较高的诊治水平，如：间质性肺炎、过敏性肺炎、肺纤维化、特发性肺含铁血黄素沉着症、肺泡微石症等。该科率先开展了电子纤维支气管镜技术、体外过敏原检测、肺功能检测、呼吸NO测定等，显著提高了小儿呼吸系统疾病的诊治水平。现已具备快速、无痛检测呼吸道病原技术，包括各种呼吸道病毒、细菌及不典型病原体等，使小儿肺炎的病原诊断显著提高，为临床诊疗提供有力依据。
科室有数台高档心电血氧监护仪、多功能呼吸机、雾化泵、微量注射泵、吸引器、肺功能仪、纤维支气管镜等先进设备，每年承担着大量的临床、教学、科研工作。
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