胸外科成立于2015年12月28日，也就是南方医科大学深圳医院建院开业之日。
胸外科住院病区：明亮宽敞，设置独立病区，床位共40张，包括VIP病房2间、抢救室1间、监护床位8张。
胸外科医师团队：力量雄厚，已由开业时3人发展为8人，其中科室主任张建华教授，团队目前拥有主任医师名、副主任医师3名、主治医师4名，其中包括博士2名，硕士6名。目前张建华主任硕士招生在读学生2人。
胸外科医疗设备：装备先进，专用设备有胸腔镜、纤维胸腔镜、纵膈镜、EBUS-TBNA、电子支气管镜、电子食管镜、硬质气管镜、硬质食管镜、胸部透视镜、超声刀、能量平台、射频消融治疗仪、呼吸机、人工心肺机、ECMO、心电监护仪、除颤监护仪、微量泵、振动排痰仪等。
胸外科医疗业务：全面开展，业务范围涵盖整个普通胸外科、微创及胸（腹）腔镜手术、胸部内镜（气管镜、食管镜、纤维胸腔镜、纵膈镜、硬质气管镜、硬质食管镜、EBUS-TBNA）诊疗技术、血管介入胸外科、体外循环手术、人工肺技术、肺脏移植手术、胸部重症监护、肿瘤综合治疗（化学治疗、靶向治疗、生物治疗、射频消融治疗）。
胸外科普胸手术：规范精湛，常规开展肺叶切除术、肺段切除术、全肺切除术、心包内处理肺血管的全肺切除术、中心型肺癌合并部分左心房切除术、肺上沟癌切除术、食管上、中、下段癌切除颈部食管胃胸内吻合术、三切口食管上段癌切除颈部食管胃吻合术，早期食管癌食管内翻拔脱颈部食管胃吻合术、食管良性狭窄切除结肠代食管手术、各种纵隔肿瘤切除术、脓胸廓清术、胸骨骨折切开复位环抱器内固定术。
胸外科微创腔镜：手术先进，熟练实施胸腔镜下肺叶切除术、肺段切除术、肺大泡切除术、食管癌切除术、食管平滑肌瘤摘除术、胸膜固定术，贲门失弛缓症Heller氏手术，胸交感神经链切断术，胸腺瘤切除术、胸腺瘤切除并纵隔脂肪清扫术，胸膜活检术、心包开窗引流术、结核瘤切除术、纵隔囊肿切除术、食管囊肿切除术、纵隔神经纤维瘤切除术、漏斗胸和鸡胸NUSS手术。熟练开展纵隔镜纵隔病变活检术、纤维胸腔镜诊疗术。
胸外科开展各种内镜技术，开展支气管镜诊疗技术、气管镜下支架植入术、纤维胸腔镜手术、硬质气管镜诊疗技术、硬质气管镜下肿瘤切除术、硬质食管镜诊疗技术、硬质食管镜下肿瘤切除术、EBUS-TNA检查技术。
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