民航总医院感染疾病科于2004年在原传染科的基础上整合发热门诊成立的。共有医护人员20名，下设肝炎门诊、肠道门诊、发热门诊。拥有独立的诊疗区、挂号收费室、药房、化验室，为患者提供一站式的服务。
感染科在科主任李玉玲主任医师的带领下，临床工作中严格遵守相关诊疗原则，对就诊病人严格把关，做到对传染病病人早发现、早隔离、早治疗、早上报。同时警惕新发传染病的暴发、流行。
科室在2009年甲型流感流行时成立甲流隔离病房，对境内外发热的民航乘客进行监测，对可疑病人进行隔离，保障北京地区居民免受外来甲流人群的感染。我科另一项职责是为院内各临床科室提供会诊，包括：抗生素合理应用、各种感染性疾病诊治等。
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