重庆市东南医院妇科前身为西郊医院妇科，九龙坡区临床重点专科，集医疗、教学、科研、预防为一体的综合性学科，重庆市生育保险定点医疗机构，也是基层医疗单位医师进修及多个医学院校和实习生的临床带教中心。科室设床位47张，配有豪华套间、VIP病房。拥有医护人员17名，其中主任医师1名，副主任医师2名，主治医师3名，护士11人。是一支人才梯队合理、技术力量雄厚、服务质量优异的和谐团队。
科室设备先进，拥有进口电子腹腔镜、德国史塞克宫腔镜、电子阴道镜、LEEP刀、盆腔炎治疗仪、产后康复治疗仪、臭氧治疗仪等先进设备，诊治各种妇科疾患。妇科设门诊和住院病区。门诊主要开展妇科常见病诊疗（包括：子宫肌瘤、卵巢囊肿、阴道炎、宫颈疾病、盆腔炎、功能性子宫出血、原发、继发不孕、各种流产、月经不调、无痛人流、可视人流等。）
病区有普通妇科、腔镜妇科、肿瘤妇科、内分泌四个专业组，开展妇科肿瘤、宫颈病变、女性内分泌等妇科疾病和多种疑难病症诊治等业务。
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