神经内科成立于1984年，是新疆地区建科较早、规模较大的神经内科专科，医院重点科室。科室共设两个病区，床位50张。神经内科现有医护人员33人，其中主任医师1人、副主任医师1人、主治医师3人，硕士生导师1人。
神经内科设有普通脑电图室、视频脑电图室、睡眠监测室、肌电图和诱发电位室、心理测评室、康复室。配有国际上最先进的尼高力视频脑电图仪1台、睡眠监测仪1台、丹迪肌电图仪及诱发电位仪1台、动态血压监测仪1台。
神经内科从事神经系统疾病和肌肉疾病的诊断和治疗，主治急、慢性脑血管病、头痛、头晕、癫痫、脑炎、脑膜炎、帕金森氏病、肌肉疾病、周围神经病、神经系统变性病、痴呆、记忆障碍、焦虑、抑郁症等。
科室特色：一、脑血管病的诊断和治疗，对急性脑梗塞建立了急救绿色通道，可在短时间内对患者进行急诊静脉溶栓、动脉溶栓及支架治疗。参加国家“十一五”攻关课题，2008年荣获“十一五”国家科技支撑计划项目“缺血性卒中急性期病因诊断、临床分型及规范治疗”中心质量优胜奖，成为新疆唯一一家获奖单位。目前能够开展多种脑血管病危险因素的检测工作，包括颅内外血管的MRA（磁共振动脉成像）、MRV（磁共振静脉成像）、CTA（CT血管成像）和DSA（数字减影）、血管超声检查并进行血管介入治疗。
二、脑血管病康复：神经内科现有康复副主任医师一名，康复师3名，均曾在中国康复中心及江苏省康复中心培训。对于偏瘫、吞咽困难、失语等各种功能障碍患者，在入院后24小时内康复师便可到床边进行正规的康复指导及治疗，使患者在急性期、恢复期都能进行及时正确的康复治疗。
三、我院神经内科与疆内外多家医院都有着广泛的联系，可进行疆内外会诊及转诊。新疆神经内科专业委员会主任委员、著名的谭毓绘教授任我科名誉主任。
神经内科承担着新疆医科大学和石河子大学医学院本科生教学实习工作，张晓莺主任医师任石河子大学硕士研究生导师、中华医学会神经内科专业委员会全国委员、新疆医学会神经内科专业委员会常务委员；何瑛副主任医师担任中华医学会康复及物理治疗专业委员会全国委员、新疆康复医学会委员。神经内科曾经获省级科技进步三等奖二项。2005年张晓莺主任被中国医师协会授予“中国医师奖”。
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