仁济医院病理科始建于1950年，是上海市最先成立病理科并开展临床病理诊断的医院之一。
目前病理科设备齐全，已装备进口全自动脱水机，石蜡切片机，恒温冷冻切片机，全自动染色机，全自动荧光显微镜，染色体分析仪，原位PCR仪等先进病理设备，以及计算机病理图文和资料管理系统。
病理科开展常规病理诊断，快速冷冻切片，肿瘤穿刺，脱落细胞学检查和新生儿尸体解剖，免疫组织化学，原位杂交，特殊染色以及分子病理学诊断技术。开设病理诊断专家门诊，解决外院疑难病例的诊断和鉴别诊断，以及病理诊断知识咨询。病理科以严谨科学的诊断著称，上海市病理质控检查病理综合质量多年名列全市前茅。
仁济病理科是上海市病理质控中心定点的医师和技术员上岗培训的教学医院，接受全国各地病理医师和技术员的培训进修。该科一向重视技术操作训练，在上海市病理质控评比中多次获得优秀成绩，在“莱卡杯”病理技术比赛中，两次获二等奖。
随着学科建设的不断深入，病理科人才梯队趋向合理。科室现有教授主任医师3名，副教授副主任医师1名，主治医师3名，住院医师3名，主管技师3名，技师6名，其中博士学位2名，硕士学位3名，在读硕士研究生2名。现任科主任朱建善，正教授、主任医师，担任中华医学会上海市疾病学专业委员会委员，全国抗癌协会上海市肿瘤病理专业委员会委员，上海市病理质控中心委员，发表论文20余篇，擅长泌尿生殖肿瘤病理诊断和研究。副教授刘强，长期从事病理学的诊断、教学和科研工作，曾二次赴日本福冈大学学习，获医学博士学位，发表论文20余篇，擅长淋巴造血系统等肿瘤病理诊断和研究。副教授殷晓璐，获香港中文大学病理解剖及细胞学博士学位，美国JohnsHopkins大学博士后，掌握CGH技术、等位基因谱技术研究、微卫星分析技术、荧光原位杂交技术以及Real-timePCR等先进的实验技术，SCI收录论文7篇。近五年全科发表论文30余篇，SCI收录3篇。有二位医师被评为医院医技和科研骨干。
今后5年的发展目标：建立符合上海市标志性医院要求的病理科，注重病理与临床相结合，各项病理诊断准确及时，质量一流；科研工作有课题，成为硕士研究生招生点。计划成立浦东新区病理诊断中心。该中心将应用免疫组织化学方法开展多项免疫组化检测，如在蛋白水平上检测细胞特异性表达，提高病理诊断和鉴别诊断水平；今后科室将努力探索指导治疗和判断恶性肿瘤预后的客观指标；应用组织原位杂交、荧光原位杂交等多种分子生物学技术检测肿瘤基因、基因缺失、融合基因和病变组织中病原微生物，提高对肿瘤的病理诊断和感染性疾病的病理诊断的准确性；在淋巴造血疾病、泌尿及男性生殖系统、妇科病理和针吸细胞学诊断等方面得以发展。
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