呼吸与危重症医学科创建于1954年，是江苏省临床重点专科、南京市医学重点专科、江苏省“135工程”医学重点学科合作单位、呼吸与危重症医学专科医师规范化培训基地、国家药物临床试验机构、江苏省呼吸内科医师进修基地；国家呼吸疾病临床医学研究中心核心成员单位。
呼吸与危重症医学科有医护人员80余人，其中主任医师4人，副主任医师7人，主治医师9人。有专科病区两个，编制床位114张，其中重症监护室14张；专科内设呼吸内镜室、呼吸重症监护室（RICU）、肺功能室、多导睡眠图室。拥有电子支气管镜、超声支气管镜、硬质支气管镜、电子胸腔镜、多导睡眠监测系统、肺功能仪、呼吸机等先进医疗设备。
呼吸与危重症医学科从1964年开展间质性肺疾病临床研究，在间质性肺疾病的基础和临床研究方面一直位居国内前列，获省市科技成果奖9项，近年来获国家自然科学资金项目10项；多次组织举办国家级继续医学教育“弥漫性间质性肺疾病诊治进展”学习班，对间质性肺疾病诊断和治疗知识在国内的推广、传播和提高发挥了重要的作用。
特色医疗1、间质性肺疾病诊治与研究：间质性肺疾病是本学科的重点研究领域和专业特色，是中华医学会呼吸分会间质性肺疾病学组副组长单位。从1964年在国内开展间质性肺病临床研究，1979年在国内开展及推广了经支气管镜肺活检术，促进了全国肺弥漫性疾病的诊治水平明显提高。拥有呼吸专科、呼吸病理、风湿免疫科、呼吸影像、胸外科等多学科专家团队，在间质性肺疾病诊断和治疗形成了系统、完整的临床路径，在间质性肺疾病诊断和治疗水平处于国内前列，在肺部疑难病、少见病和罕见病的诊治积累了丰富的临床经验。
2、呼吸内镜诊断和治疗：开展多种介入性的诊断和治疗技术,包括常规支气管镜检查、支气管粘膜活检、刷检、支气管肺泡灌洗、经支气管镜肺活检、经支气管镜气道内异物取出术、复合镇静（无痛）支气管镜术、喉罩全麻无痛支气管镜术、常规经支气管镜淋巴结针吸活检术（TBNA）、超声支气管镜淋巴结针吸活检术（EBUS-TBNA）、经导向鞘(GS)引导支气管内超声检查及肺活检、硬质支气管镜下冷冻肺活检；内科胸腔镜检查；硬质支气管及经支气管镜高频电切、高频电圈套、冷冻、镜氩气刀（APC）治疗、气道支架置入术，球囊扩张术等技术,具有较高的诊治水平和安全性。
3、呼吸危重症治疗：拥有先进的有创、无创呼吸机，监护仪、转运呼吸机，危重病人移位机，便携式纤维支气管镜、振动排痰仪、血气分析仪、微量泵，抗血栓压力泵，床旁超声诊断仪等设备。开展有创血流动力学检测（包括有创动脉血压、CVP、肺动脉漂浮导管、PiCCO等）、床旁经皮穿刺气管切开术、气管插管、床旁支气管镜吸痰、支气管肺泡灌洗、气管内注药、异物清除、床旁支气管镜下肺组织活检等诊疗项目；常规开展床旁呼吸力学和呼吸生理学指标监测；开展经鼻高流量加温加湿吸氧(HFNC)，无创正压机械通气、有创正压机械通气等方法，治疗间质性肺疾病急性加重，重症肺炎，COPD急性加重，重症哮喘等各种急慢性呼吸衰竭。
4、肺部肿瘤诊治：在肺癌的诊断方面开展了痰细胞学、胸水细胞学、肺癌基因检测、支气管镜活检和淋巴结针吸活检、CT和超声引导下肺穿刺、内科胸腔镜等多项检查，与影像学科、病理科等密切合作，明显提高了肺部肿瘤的确诊率；在肺癌的诊断和综合治疗方面积累了较丰富的经验。
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