南通大学附属医院胃肠外二科成立于2006年，是江苏省卫计委临床重点专科，目前拥有教授5人，副教授3人，博士7人，留学回国人员2人，其中江苏省医学重点人才1人、江苏省333工程培养对象2人、江苏省六大人才高峰培养对象3人，南通市226高层次人才2人。科室成员在中国医师协会、中国中西医结合学会、中国研究型医院协会、全国内镜与微创专业技术考评委员会等国家级学会，以及江苏省医学会、江苏省抗癌协会、江苏省中医学会等省级学会担任常务委员及委员等职务，在南通市医学会、南通市抗癌协会等担任副主任委员等职务。中国中西医结合学会全国大肠癌防治专家委员会朱建伟教授担任科主任、学科带头人及大肠癌治疗首席专家。
科室在本地区率先施行腹腔镜大肠癌根治手术以及胃肠肿瘤的快速康复技术，在胃癌和大肠癌的腹腔镜根治手术，直肠癌肛门保留技术，晚期大肠癌的综合治疗上等具有特色，在胃肠肿瘤治疗的彻底性以及生存率方面处于先进水平。目前有大肠癌多学科治疗(MDT)首席专家1人以及相应的MDT团队。朱建伟教授领衔团队在胃癌及大肠癌的治疗方面独树一帜，手术技术精湛，获得江苏省腹腔镜手术比赛第一名，获得中华医学会外科分会全国腹腔镜结直肠手术比赛一等奖。
科室在胃肠肿瘤的研究方面形成自己的体系，尤其在胃肠癌的发病机制和诊治研究方面在省内处于先进水平。先后获得国家自然科学基金资助项目8项，教育部以及江苏省自然科学基金项目、江苏省卫生厅研究项目6项、南通市科研项目8项，研究成果获得中国抗癌协会科技进步奖、江苏省科技进步奖、江苏省卫生厅新技术奖、江苏医学科技奖以及江苏肿瘤医学奖、南通市科技进步奖等奖励22项。科室与上海、美国马里兰大学癌症中心等建立了合作关系。
目前专治以下疾病：1）胃肠恶性肿瘤，主要包括胃肠癌的诊断与治疗，特别是腹腔镜根治手术治疗。
3）胃肠良性肿瘤、息肉等的内镜下治疗以及双镜联合治疗。
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