北京协和医院检验科成立于1958年，是中国医学科学院·北京协和医学院检验学系所在地。现科下设微生物专业组、生化与免疫专业组、基础检验与细胞学、内分泌专业组、分子生物学专业组、西院综合组6个专业组。国内率先设立检验门诊，平均每天接诊超过40人次；积极参与临床查房，共计百余次。按照“准确、快捷、热情”的质量方针，根据CNAS－CL02：2012《医学实验室质量和能力认可准则》（ISO15189:
2012,
IDT）及CAP的技术要求建立并运行质量管理体系，于2008年通过国家合格评定认可委员会组织的专家评审并获得ISO15189认可证书；于2014年通过美国临床病理家学会（CAP）的实验室认可；近十余年来承担了自然科学基金、科技部，卫生部公益行业基金，世界卫生组织等多项科研项目；同时承担中国医学科学院·北京协和医学院硕士、博士研究生、8年制本科生和成人教育学院检验专业的教学工作及全国检验专业住院医师、实习生和进修生的培训工作。
北京协和医院检验科位于北京协和医院东西两院，东院位于北京市东城区帅府园1号（邮政编码
100730）北京协和医院新门诊楼7层A区（微生物区）和新门诊楼6层A区
(急诊区、生化免疫区、临检及细胞学区、内分泌区、分子生物学区)、新门诊楼5层B区 (STD检查和皮肤真菌检查)、新门诊楼2层B区
(临检尿便及精液检测区)、国际医疗部1段2层 (外宾化验室)。西院检验位于北京市西城区西单大木仓胡同41号（邮政编码
100032）门诊楼4层（生免室、临检室、微生物室、门诊化验室、急诊化验室）。
检验科设主任1名，副主任1名，主任助理1名，下设微生物专业组、生化与免疫专业组、内分泌专业组、基础检验与细胞学、分子生物学专业组、西院综合组6个专业组，每组设组长1名，副组长1－2名。检验科6大专业组共辖16个实验室，35个子专业领域，专业配置合理，能够满足大型综合医院临床工作需求。
检验科目前拥有大型仪器设备135台，其中包括具有世界先进水平的细菌培养仪、自动鉴定仪，大型生化自动分析仪，全自动免疫分析仪、多参数五分类血细胞分析仪等。
全科开展检验验项目300余项，各专业的实验方法学80％以上达到国际先进水平，微免实验室细菌室在院内感染监测及其耐药机制研究，疑难菌鉴定和感染疾病诊断等方面全国领先；血清病毒室在国内较早建立衣原体感染诊断、获得SARS毒株处于国内领先地位；生免室在北京市独家开展血红蛋白电泳。
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