江西省儿童医院新生儿外科于2009年9月1日从普外科分出正式单独成立科室，是我省唯一的新生儿外科专业科室，设病床25张，实行无陪护封闭式管理，主要收治自出生至4个月以内患儿，诊治病种包括：1、各种先天性畸形：食管闭锁和气管食管瘘、胃壁缺损、幽门梗阻（肥厚性幽门狭窄、幽门前瓣膜、闭锁）、十二指肠梗阻（十二指肠闭锁、肠旋转不良、环状胰腺、）、肠闭锁和肠狭窄、肠重复畸形、巨结肠、直肠肛门畸形（伴有瘘或无瘘的高、中、低位无肛）、膈疝、腹裂和脐膨出、脊膜膨出、胆道畸形（胆总管囊肿、胆道闭锁等）、卵黄管及脐尿管畸形；2、感染：新生儿皮下坏疽、软组织感染、坏死性小肠结肠炎、胎粪性腹膜炎、各种原因所致的消化道穿孔等；3、肿瘤：各部位畸胎瘤、新生儿及小婴儿神经母细胞瘤、肝母细胞瘤、淋巴管瘤、血管瘤、卵巢囊肿、肠系膜囊肿等。
微创技术是本科室的专业特色，本专业迄今已成功开展腹腔镜或胸腔镜技术诊治几乎全部先天性消化道畸形，积累了较丰富经验：如经胸腔镜下食道闭锁食管吻合术、膈疝修补术，腹腔镜下幽门环肌切开术、十二指肠吻合术、肠旋转不良Ladd手术、胆总管囊肿根治术、食管裂孔疝Nissen手术等，应用生后结肠造瘘，二期行后矢状入路肛门成形术（Pena术）或腹腔镜辅助肛门成形术（LAARP）治疗中高位肛门直肠畸形使手术疗效明显提高；新生儿期Ⅰ期经肛门巨结肠根治术良好效果，此外随着静脉营养的应用，越来越多的长段型甚至全结肠型巨结肠可以在新生儿及小婴儿期Ⅰ期经腹腔镜辅助完成巨结肠根治术。
科室常规应用腹腔镜胆道探查、造影术对黄疸患儿进行鉴别诊断，每年诊治胆道闭锁患儿数十例，积累了较为丰富的经验，形成了一套完备的术前、术后诊治、随访体系；本专业应用泄殖腔整体游离术、后矢状路或腹腔镜辅助术行肛门、阴道、尿道成形，使术后患儿的生存质量也有明显改观；应用免缝改良silo袋延期手术方法治疗腹裂和脐膨出，使这两种疾病的成活率明显提高，现无严重合并畸形和并发症者多数可成功治愈。
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