东莞市妇幼保健院产前诊断中心于2009年获得广东省卫生厅批准筹建，2012年1月通过国家技术验收，成为东莞地区首个产前诊断技术中心，填补了地区技术空白，方便了地区广大孕妇的就诊。
产前诊断中心占地面积3000余平方米，设有6个遗传咨询门诊、1个胎儿医学门诊、1个特需门诊和司法医学鉴定门诊，一个介入性手术室，两个超声检测室、三个分子诊断实验室（分别开展高通量基因测序、单基因遗传病和病原体核酸检测），一个细胞遗传实验室、一个生化免疫实验室和一个法医物证司法鉴定实验室等，在占地面积和规模方面位于广东省乃至全国前列。
产前诊断中心引进了世界一流的医疗设备，总价值超过6000万元，主要包括美国GE超声仪、高通量基因测序仪，ABI3500XL基因分析仪、7500fastQF-PCR、全自动Leica核型分析系统、Leica荧光原位杂交系统、123型全自动时间和毛细管电泳系统、昂飞基因芯片分析系统和博奥耳聋基因芯片系统等，其设备的先进性位于全国前列。
产前诊断中心目前已具有一支结构合理的人才队伍共45人，其中专职从事遗传咨询的妇产科高级职称医师6名，专职从事遗传实验检测与分析的高级技术人员6名，博士研究生2人，硕士研究生8名。90%以上的技术人员均经过专业培训并取得相应资格证书，主要技术骨干均具有香港中文大学玛利亚医院、医学遗传学国家重点实验室和国家认定的培训单位培训经历，同时，优秀人员派送到美国哈佛大学、英国胎儿医学中心、香港中文大学进一步深造。产前诊断技术人员均根据国家和国际标准进行培养，以便为地区广大群众提供及时、高质量的全面的临床遗传学服务。
产前诊断中心经过不断的努力和进取，已形成了以临床遗传咨询、胎儿医学门诊、产前超声诊断、分子遗传学、细胞遗传学、产前生化筛查为特色的门类齐全的产前诊断体系，是全国开展项目较齐全的产前诊断中心之一，主要包括：特需门诊，接待各种疑难杂症，通过远程会诊，为地区特需人群提供一站式服务；遗传病和遗传病家系的遗传咨询；优生优育遗传咨询；绒毛、羊水、脐血医学分析；多胎妊娠的产前咨询，产前诊断，临床监测，胎儿发育异常保健；胎儿非整倍体高通量基因筛查和遗传性耳聋基因检测及产前诊断；唐氏综合征和神经管缺陷的筛查；地中海贫血、先天性耳聋、先天性心脏病、假肥大型肌营养不良、白化病等100余种单基因遗传病诊断和产前诊断；孕期代谢筛查和预测；细胞遗传学检测与分析。
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