南京医科大学第二附属医院普外科是建院以来医院传统的支柱学科之一，现为江苏省省级临床重点专科及十三五“强卫工程”消化病重点学科、国家GCP专科机构、江苏省普外专业唯一基层特色医疗孵化中心；作为南京医科大学直属附院，学科为医科大学硕、博士授予点以及临床博士后流动站。经过几代人努力，普外科如今已发展成融临床、科研、教学为一体的优势学科。科室人才梯队阵容强大，共有医护人员80多名，其中正高职称10人，副高职称6人（其中教授2人，副教授7人），博士生导师2人，硕士生导师9人。按照专业化建设理念，设立胃肠外科、结直肠外科、肝胆胰腺外科、乳腺外科、甲状腺外科、血管外科、普外内镜室和普外实验室，合计编制三个半病区，实际开放病床160张，每年完成各类大型手术4000余例。科室依托江苏省临床重点专科和消化病重点学科平台，发挥胃肠道微创精准医疗特长并打造一站式消化道疾病多学科联合诊治体系。学科胃肠微创外科、胰腺病综合诊治、甲状腺外科等特色鲜明，在省内国内享有较高声誉，其中消化系统肿瘤的综合治疗及临床基础研究均达到省内领先水平，多次荣获江苏省科技奖、省医学科技奖和医学新技术引进奖。近5年来科室承担国家自然科学基金、省科技厅项目等课题30余项，科室学术骨干在国内外高影响力期刊发表学术论文200多篇，具有较高省内学术知名度。科室高度重视外科学教学，以培养具有扎实理论功底、娴熟外科操作技能和全球化学术视野的杰出外科人才为目标，承担南京医科大学五年制本科生、研究生和留学生理论授课及临床见实习等一系列教学任务，参与编写一系列本科学教课书。2018年科室被江苏省评为省级基层医疗普外科孵化中心以来，多次举行省级基层孵化中心培训班，接收来自省内基层医疗单位骨干人员学习进修，2020年被省卫健委年度考评为三等奖，是省内唯一一家获此荣誉的普外科室，中心为江苏基层特色医疗作出了重要贡献。
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