百蕊草主治感冒、咽喉肿痛、支气管炎、肺炎等呼吸系统疾病，也可用于肠炎、痢疾等消化系统感染。
1、呼吸系统感染
百蕊草具有清热解毒作用，对病毒性或细菌性上呼吸道感染有效。其活性成分能抑制金黄色葡萄球菌等常见致病菌，缓解咽喉充血疼痛症状。临床常用百蕊草颗粒配合抗生素治疗急性扁桃体炎，或使用百蕊草片辅助改善支气管肺炎引起的咳嗽痰多。
2、消化系统炎症
百蕊草对志贺氏菌、大肠杆菌等肠道致病菌有抑制作用，适用于细菌性肠炎引发的腹痛腹泻。百蕊草胶囊可调节肠道菌群平衡，其抗炎成分能减轻肠黏膜水肿。对于湿热型痢疾出现的里急后重症状，百蕊草合剂能协同止泻药物发挥作用。
3、皮肤软组织感染
百蕊草外用制剂对毛囊炎、疖肿等浅表化脓性感染有辅助疗效。其乙醇提取物可抑制痤疮丙酸杆菌繁殖，百蕊草软膏能缓解局部红肿热痛。临床常将百蕊草洗剂用于皮肤创面清洁，预防继发感染。
4、泌尿系统炎症
百蕊草对尿路感染有一定缓解作用，其利尿成分可促进细菌排出。对于膀胱炎引起的尿频尿急，百蕊草冲剂能减轻尿道刺激症状。但严重肾盂肾炎需联合抗生素治疗，不可单独依赖百蕊草制剂。
5、口腔黏膜病变
百蕊草含漱液适用于口腔溃疡、牙龈炎等病症。其鞣质成分能收敛创面，黄酮类物质可抑制口腔厌氧菌。复发性阿弗他溃疡患者使用百蕊草喷雾剂，能缩短溃疡愈合周期，减轻进食疼痛感。
使用百蕊草制剂期间应避免辛辣刺激饮食，风寒型感冒不宜单独使用。孕妇及过敏体质者慎用，出现皮疹、胸闷等不良反应需立即停用。治疗呼吸系统感染时建议配合清淡饮食，多饮温水保持呼吸道湿润。消化系统疾病患者用药期间需注意腹部保暖，避免生冷食物加重腹泻症状。
