北京同仁医院眼中医科是国家中医药管理局中医临床（中医眼科学）重点学科，也是北京市中西医结合眼科重点学科。数年来，科室成员秉承传统中医整体观念，运用辨证论治思维，并借鉴现代医学研究的先进成果，不断对一些复杂、难治性眼病进行探索和总结，积累了丰富的临床经验。
中医眼科源远流长，自北宋元丰年间独立分科以来，已有一千多年的历史，它在我国人民眼病的保健和治疗方面积累了大量的经验至今仍有它独特的价值和地位。中医眼科界的老泰斗唐由之教授为印尼总统瓦西尼治疗眼睛痼疾一例，为中医眼科这种独特的价值做了很好的印证，传统中医学将人体视为自然界和社会的一部分，认为人体生理病理的变化顺从自然界阴阳的变化和气机氤氲升降的规律，并受社会各种关系的影响，其核心是将人体放在一个大的环境下去考察这有助于从宏观上把握机体病理生理状态的变化，从而作出相应的治疗方案，中医眼科亦不例外，它在治疗各种眼病时，同样也考虑气侯、季节、饮食、空气、性格、情绪、工作环境、社会关系等等因素，并运用自己独特的一套辨证体系，抓住疾病的本质和主要矛盾得出正确的诊断（气血痰瘀寒热虚实等证型）为治疗提供可靠的依据，因此中医眼科在许多眼病的治疗方面疗效还是十分肯定的。
现将科室擅长疾病罗列于下：各种后天性眼肌麻痹上睑下垂眶上神经痛；慢性睑缘炎；眼睑神经血管性水肿；眼睑带状疱疹；各种慢性结膜炎过敏性结膜炎（如春季卡他性结膜炎）流行性结膜炎；急慢性泪囊炎无炎症的迎风流泪；进行性翼状胬肉；各种病毒性角膜炎泡性角结膜炎角膜溃疡；慢性巩膜炎等。
反复发作的虹膜睫状体炎；慢性开角性青光眼低眼压性青光眼青光眼术后眼压控制不良；早期白内障；各种色素膜炎葡萄膜炎；飞蚊症玻璃体混浊玻璃体积血以及机化条索；各种眼底出血（包括糖尿病高血压血液病眼底出血；视网膜静脉周围炎中央静脉阻塞等）；反复发作的中浆中渗；外层渗出性视网膜病变；缺血性视乳头病变；老年性黄斑变性；各种原因所造成的视神经萎缩早期；Leber视神经病变，网脱术前术后网膜下积液，各种围手术期综合征，视网膜色素变性等。
外伤性前房积血甲状腺相关性眼眶疾病泪腺脱垂视频终端综合征，视疲劳综合症；心因性视觉障碍（包括视力下降幻视色觉异常）；干眼症；眼睑痉挛等。
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