DNA测序的方法有很多种,目前最常见的是双脱氧终止法了。在测序用的缓冲液中含有四种dNTP及聚合酶,测序时分成四个反应,每个反应除上述成分外分别加入2,3-双脱氧的A、C、G,T核苷三
磷酸(称为ddATP,ddCTP,ddGTP,ddTTP),然后进行聚合反应。在第一个反应物中,ddATP会随机地代替dATP参加反应一旦ddATP加入了新合成的DNA链,由于其3位的羟基变成了氢,所以不能继续延伸。所以第一个反应中所产生的DNA链都是到A就终止了。同理第二个反应产生的都是以C结尾的,第三个反应的都以G结尾,第四个反应的都以T结尾, 电泳后就可以读出序列了。