1983年传染科由前内科传染病区、儿科传染病区分出，单独成立科室，分两个病区，共设置床位60张。1992年12月完全合并为传染科。经过近20年的发展和几代人的努力已形成集医疗、教学、科研、预防为一体，并具有一定规模的三级甲等医院临床科室，几经搬迁，至2002年11月已有床位38张。科室已初步具备常见传染病的诊断、治疗和临床教学条件。2002年11月，青海省卫生厅取消全省综合医院传染科，集中成立青海省传染病医院，医院取消传染科。
2003年传染性非典型肺炎在我国迅速流行并蔓延至境外许多国家和地区，充分暴露了我国传染病防治的许多薄弱环节和问题，新一届中央领导采取果断措施，相继制定、完善了传染病防治法律、法规，要求二级以上综合医院设立感染性疾病科，并提出了具体要求。同时，卫生部医院管理指南及国家卫生城市将综合医院传染病防治工作和感染性疾病科的建设作为一项重要考核指标，充分体现了社会主义和谐社会发展的趋势。新一届医院领导非常重视感染性疾病科的建设和发展，特别是在2007年后，医院在非常困难的情况下，已初步规范了感染性疾病科门诊设置，逐步加强了工作人员，使感染性疾病科的门诊工作得以开展。
目前，科室分为呼吸道感染门诊和消化道感染门诊两部分，主要负责发热呼吸道感染的门诊诊疗及传染病筛查工作，如甲型H1N1流感；感染性腹泻的诊断及治疗、各种病毒性肝炎及肝硬化的诊治、结核病的诊治及转诊、麻疹、猩红热、流行性腮腺炎、手足口病的诊治及转诊等；为有效应对突发传染病，进行院内传染病防治知识培训、多次模拟演练（传染性非典型肺炎、人高致病性禽流感、甲型H1N1流感等），进一步规范接诊流程，防止造成医院感染；承担全院会诊及疑难危重病例讨论，成功诊断救治省内首例流行性出血热、发现多例艾滋病病例等；积极探索应用多种联合方案治疗乙型肝炎，延缓肝硬化、肝癌的发生；治疗复杂的结核病感染，取得了较理想的疗效。
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